Mai 2006: les syndicats dénoncent un sous-chef de la maison (atelier tapisserie-accessoiristes) pour harcèlement sexuel et mobbing à l'encontre de quatre employés.

Août 2006: le suicide d'un machiniste suscite l'indignation du personnel. Une lettre de doléances, signée par 70 employés, tous fonctionnaires municipaux, est remise le 31 août à Patrice Mugny. Cette lettre met le feu aux poudres et débouchera sur un audit voulu par les différentes parties prenantes: la direction, le Conseil de fondation, la Ville, la Commission du personnel et les syndicats.

Septembre 2006: la Ville et la direction reçoivent environ 80 employés qui manifestent leur malaise et leurs souffrances. Deux cadres sont pointés du doigt: le secrétaire général, Antonio Soragni, et le directeur technique, Jacques Ayrault. Le 26 septembre, Jean-Marie Blanchard informe l'ensemble du personnel du projet d'audit.

Octobre 2006: appel d'offres dans la FAO pour un double audit.

Décembre 2006: Patrice Mugny ordonne une enquête administrative concernant un service dont l'un des employés possède une entreprise d'électricité. Bien que le fonctionnaire ait mal agi, le Conseil administratif ne le sanctionnera pas.

Janvier 2007: sur demande de Jean-Marie Blanchard, le secrétaire général, Antonio Soragni, est libéré de ses fonctions. Patrice Mugny souligne toutefois que le Conseil administratif «n'a absolument aucune raison de douter de son intégrité».

Février 2007: Maryvonne Joris est nommée secrétaire générale ad interim. Bruno de Preux et Robert Roth, respectivement président et vice-président au Conseil de fondation du Grand Théâtre, annoncent leur démission. Ils estiment que Patrice Mugny «s'érige en autorité de tutelle» et veulent signifier par là leur désaccord avec ses méthodes.