La Bourse suisse se penche à son tour sur l'opacité des comptes de SAirGroup. Elle inflige «post mortem» un blâme sévère au groupe, pour avoir enfreint les normes comptables du Règlement de cotation. Selon la Bourse suisse, le groupe aujourd'hui en liquidation n'a pas donné une vision correcte de ses participations et de ses engagements dans son rapport financier intermédiaire 2000. Cette sanction vise directement l'ancienne direction, en particulier Philippe Bruggisser (ex-CEO) et son chef des finances, Georges Schorderet, ainsi que l'ancien conseil d'administration. Elle vient confirmer les conclusions en début d'année du rapport accablant d'Ernst & Young, commandé par Karl Wütrich, commissaire au sursis concordataire, qui a déjà dressé une longue liste d'infractions, de négligences et d'inexactitudes comptables. Selon ce rapport, les comptes 1999 et 2000 donnaient une vision déformée de l'état réel de la trésorerie du groupe.

Dans la sanction de la Bourse suisse, on retrouve le contrat de «put and call option» passé entre SAirGroup et Taitbout Antibes, détenu par le groupe Marine Wendel d'Ernest-Antoine Seillière, en relation avec la compagnie AOM, dont Swissair détenait 49,5% des parts. La société du patron des patrons français pouvait vendre, dès avril 2004, sa part de 51% d'AOM à un prix fixé par elle à SAirGroup. Cet engagement illimité de rachat aurait dû figurer dans l'annexe du rapport semestriel, car il représentait une valeur potentielle de plusieurs centaines de millions de francs suisses. Le rapport d'Ernest & Young est allé encore plus loin, puisqu'il a pointé du doigt le rôle du groupe Marine Wendel, permettant aux Suisses de contourner les dispositions européennes qui prévoient qu'une société helvétique ne peut pas détenir une participation majoritaire dans une compagnie européenne.

Autre infraction mentionnée par la Bourse suisse dans ce même rapport: SAirGroup n'a pas non plus comptabilisé le gain issu du transfert dans son fonds de roulement des participations détenues dans Delta Airlines, Galileo (services de réservation) et Equant (télécommunications).

En raison de ces deux négligences, estime la Bourse suisse, les actionnaires n'ont pas pu se faire une idée de la situation financière réelle du groupe au 30 juin 2000. Rappelons qu'à cette époque, la situation comptable était déjà faussée. Lors de la présentation des résultats du groupe en mars 2000, Phillippe Bruggisser avait présenté un milliard de francs de surplus inscrit au bilan, provenant en fait de la caisse de pension des employés de Swissair. Ce fut un tollé général: on avait crié, à juste titre, à l'hérésie comptable, car en aucun cas les avoirs du 2e pilier des employés ne peuvent être inscrits dans le bilan comme fortune de l'entreprise. Ils sont, en effet, juridiquement complètement indépendants. Le débat avait fait rage sur l'interprétation et l'application des normes comptables IAS. Celles-ci permettent d'harmoniser les comptes des multinationales cotées en Suisse et à l'étranger, mais posent problème eu égard à la particularité de la prévoyance professionnelle helvétique.

La sanction de la Bourse suisse tombe bien tard, alors qu'à cette époque on soupçonnait déjà des irrégularités comptables. Karl Wütrich, en vacances, n'a pas pu être joint. Mais il a déjà déclaré qu'il envisageait de déposer éventuellement des plaintes en dommages et intérêts contre les anciens dirigeants du groupe et du conseil d'administration, ainsi que contre la société de révision PricewaterhouseCoopers, responsable des comptes de 1999 à 2000.