Pierre-Yves Frei Ruedi Aebersold, pionnier de la biologie des systèmes aux Etats-Unis, est revenu en Suisse pour promouvoir cette science très prometteuse.Le Temps: SystemsX. On dirait le nom d'un projet top secret. Que cache-t-il?

Ruedi Aebersold: Il s'agit d'un programme de recherche qui s'inscrit globalement dans le domaine des sciences de la vie. Né de la collaboration des universités de Bâle, de Zurich et de l'Ecole polytechnique fédérale de Zurich (EPFZ), il représente aujourd'hui la meilleure chance de la Suisse de se distinguer au niveau mondial dans le domaine de la biologie des systèmes.

- La biologie des systèmes?

- La biologie «traditionnelle» décompose tous les éléments de la cellule, les gènes, les protéines, les ions, les membranes, etc. et les étudie séparément. C'est essentiel. Mais il nous faut aussi comprendre comment toutes ces parties interagissent. Car c'est cela la vie, l'interaction de milliers de molécules. Par exemple, on peut comparer les gènes à des mots. Connaître ces mots individuellement est une chose. Mais ils n'agissent jamais seuls. De leur combinaison naît un texte qu'il s'agit de décoder. Notre objectif, et celui du réseau SystemsX, c'est de comprendre ces interactions, pour pouvoir ensuite les modéliser et les simuler sur informatique.

- On pourrait donc créer une sorte de cellule virtuelle, une vie sur ordinateur?

- C'est un rêve que nous sommes encore très loin de pouvoir réaliser. Il est peut-être même inaccessible tant le fonctionnement d'une simple cellule est infiniment complexe. Nos objectifs sont plus modestes, même s'ils réclament déjà des moyens technologiques considérables.

- A quoi ressemble une recherche typique de la biologie des systèmes actuelle?

- Prenons deux molécules, une enzyme d'un côté, et de l'autre un inhibiteur, capable donc d'arrêter ou de diminuer l'action de la première. Cette relation implique de nombreuses autres molécules. C'est à la biologie des systèmes de révéler quand, comment et dans quelles proportions chacune d'entre elle intervient. Quand cette enquête est achevée, on produit un modèle algorithmique de ces interactions. Si la simulation est pertinente, elle devient alors un outil de recherche aussi puissant que pratique.

- Dans le domaine thérapeutique par exemple?

- Oui, tout à fait. Grâce aux simulations informatiques, on pourra notamment tester le comportement de telle ou telle molécule dans tel ou tel contexte biologique. Cela permettrait par exemple de révéler d'éventuels effets secondaires d'un nouveau médicament. De toute évidence, nous ne sommes pas les seuls à croire à ces développements puisque des chercheurs de SystemsX collaborent déjà avec de grandes entreprises pharmaceutiques.

- Ce sont des recherches coûteuses?

- C'est difficile de donner des chiffres précis, mais sachez que les efforts financiers combinés des universités de Bâle, de Zurich et de l'EPFZ dans ce domaine s'élèveront pour les prochaines années à environ 100 millions de francs suisses. Concernant la part de cette manne qui reviendra à SystemsX et qui se monte à plusieurs dizaines de millions, elle servira essentiellement à payer des chercheurs et des instruments de haute technologie.

- Quel genre de technologies?

- Toutes les technologies de la biologie expérimentale actuelle. Par exemple, les puces à ADN qui nous permettent de mesurer l'activité de plusieurs milliers de gènes en même temps. Pour les protéines, nous attendons encore un outil aussi puissant. Mais les progrès vont vite. La bio-informatique se révèle évidemment essentielle, d'où nos contacts étroits avec l'Institut suisse de bio-informatique.

- Votre science a donc besoin de toutes sortes de spécialistes?

- Tout à fait. Nous associons biologistes, chimistes, physiciens, informaticiens, pharmacologistes, etc. L'ambition de SystemsX est non seulement de permettre à ces spécialistes de collaborer, mais également de créer un nouveau cursus en biologie des systèmes, dès l'automne 2006, à l'EPFZ.