En Suisse, le FNS est le principal bailleur de la recherche.En 2007, le FNS a octroyé 531 millions de subsides pour des travaux scientifiques. Il a soutenu quelque 7000 chercheurs, dont 5500 ayant moins de 35 ans. Une grande partie des aides sont accordées après sélection, sur la base de propositions des équipes de recherche. Le taux d'acceptation, particulièrement élevé pour une telle instance, s'élève à 50%. Il s'explique notamment par la hausse de l'enveloppe financière accordée au FNS par la Confédération: ces dernières années, la tendance a été de stabiliser, ou d'augmenter légèrement, les subventions directes aux universités ainsi qu'aux écoles polytechniques, et, en parallèle, de grossir les ressources du FNS. Une telle politique est jugée plus stimulante, puisque les appuis délivrés par le Fonds national le sont sur la base de concours et d'évaluation des projets par des pairs.

L'année passée, 38% des aides du FNS sont allées à la médecine et à la biologie,37% aux sciences naturelles et à l'ingénierie, et 25% aux sciences humaines et sociales. Outre les aides à des projets précis, le FNS soutient des programmes nationaux de recherche ainsi qu'une vingtaine de pôles de recherche nationaux, des réseaux de chercheurs implantés dans différentes hautes écoles, sur des thèmes tels que la génétique, les plantes ou le réchauffement climatique. L'institution met au concours ces jours une troisième volée de pôles de recherche nationaux.