Désireux de lever tout malentendu avec le monde musulman, Benoît XVI a multiplié les précautions et fait preuve d'une grande diplomatie à l'occasion de sa rencontre avec Ali Bardakoglu, le directeur des Affaires religieuses de la Turquie. Il a cité deux papes très aimés des Turcs, Jean XXIII et Jean Paul II. Joseph Ratzinger a repris une phrase du premier qui, alors qu'il était nonce à Istanbul, avait déclaré: «J'aime les Turcs, j'apprécie les qualités naturelles de ce peuple, qui a aussi son rôle sur le chemin de la civilisation.»

Pour montrer que sa bienveillance à l'égard de l'islam a précédé la crise déclenchée par son discours à Ratisbonne, le pape a rappelé une déclaration qu'il avait faite à Cologne en août 2005: le dialogue interreligieux est une «nécessité vitale, dont notre futur dépend dans une large mesure». Il a souligné les points communs qui unissent chrétiens et musulmans, en particulier la foi en un Dieu unique. Ces deux communautés religieuses ont selon lui pour mission d'«aider la société à s'ouvrir au transcendant». «Le meilleur moyen pour aller de l'avant est un dialogue authentique entre chrétiens et musulmans, basé sur la vérité et inspiré par le désir sincère de mieux nous connaître, en respectant nos différences et en reconnaissant ce que nous avons en commun.»

Afin d'atténuer l'offense de Ratisbonne, Joseph Ratzinger s'est servi d'une nouvelle citation historique. Empruntée au pape Grégoire VII, elle apparaît comme un contrepoint à celle de l'empereur Manuel II Paléologue qui avait déclenché les foudres du monde musulman. Cette citation est tirée d'une correspondance de Grégoire VII avec un prince musulman d'Afrique du Nord, «qui avait agi avec une grande bienveillance envers les chrétiens placés sous sa juridiction», souligne Joseph Ratzinger. Dans cette citation, qui date de 1076, le pape Grégoire VII parle de la charité mutuelle que se doivent chrétiens et musulmans, parce que «nous croyons et confessons un Dieu unique, même si c'est de manière différente».