En ce qui concerne la répartition des pouvoirs, le texte introduit le système présidentiel, mais les délégués ont obtenu des garde-fous, notamment une assemblée nationale composée de deux Chambres et dotée de «pouvoirs étendus», terme d'ailleurs contesté par certains proches d'Hamid Karzaï.
Malgré sa conclusion positive, la Loya Jirga a toutefois été marquée par deux événements plutôt inquiétants pour l'avenir du pays. Quatre jours après l'ouverture de l'assemblée, Malalaï Joya, une jeune femme de 25 ans, déléguée de la province de Farah (sud-ouest), a été violemment prise à partie sous l'immense tente des débats, après avoir verbalement attaqué les anciens moudjahidine «qui ont ruiné le pays et l'ont conduit à la guerre civile». Les délégués ont exigé son expulsion et son micro a été coupé. Malalaï Joya est désormais menacée de mort. Elle est protégée par les Nations unies.
Plus alarmant fut le combat acharné d'une partie des délégués favorables à un régime parlementaire parmi lesquels de nombreux fondamentalistes. La Loya Jirga a en fait été rapidement traversée par les traditionnelles fractures ethniques de la société afghane, cause de la guerre civile dans les années 1990. D'un côté, le principal groupe ethnique du pays, les Pachtounes, proches de Hamid Karzaï, de l'autre, les Tadjiks, les Hazaras et les Ouzbeks, menés par l'ancien président Burhanuddin Rabbani, qui lui ont reproché de vouloir mettre en place un système autocratique. Ces complications politiques devraient retarder l'élection présidentielle toujours prévue en juin. Celle-ci pourrait avoir lieu en septembre, suivie des législatives six mois après.