Pour autant, les défis qui attendent le nouvel élu sont colossaux. Tout d'abord, la violence de ces mêmes talibans est loin d'être contenue, comme en témoigne l'enlèvement, le 28 octobre, de trois employés étrangers de l'ONU impliqués dans l'organisation de l'élection (lire ci-dessous). Cet enlèvement fait craindre un scénario à l'irakienne où les attaques ciblées contre les étrangers, déjà nombreuses ces derniers mois, s'accentueraient. Déjà, certaines ONG actives dans la reconstruction, comme Médecins sans frontières (MSF), ont quitté le pays suite à des violences contre leurs employés.
Dans le cas des trois onusiens, si les autorités afghanes ne parviennent pas à un dénouement heureux, les conséquences pourraient être redoutables sur l'organisation des élections législatives, au printemps prochain. Celles-ci devaient initialement se dérouler en même temps que le scrutin présidentiel mais ont été reportées du fait de leur trop grande complexité administrative et logistique: aucun recensement réel de la population n'a été effectué depuis 1970 dans le pays, dont les circonscriptions électorales doivent par ailleurs être redéfinies. Les législatives ne devraient donc pas avoir lieu avant le mois de juin 2005.
D'ici là, Hamid Karzaï devrait gouverner par décret, comme la loi l'y autorise, pour s'attaquer aux autres défis qui l'attendent: le poids toujours considérable des seigneurs de la guerre, face à un pouvoir central encore embryonnaire, et les clivages interethniques, qui se sont exacerbés à l'occasion de ces élections, sans oublier l'essor considérable du trafic de drogue. Entreprise de taille, si l'on en juge par un rapport récent de la Banque mondiale, selon laquelle l'Afghanistan est «enfermé dans un cercle vicieux au centre duquel l'économie souterraine, le trafic de l'opium et la violence se renforcent de concert».
«La plupart des gens ont voté selon des clivages ethniques», affirme ainsi Mir Ahmad Joyenda, président de la Fondation pour la culture et la société civile, de Kaboul, cité par un journal afghan. «Ils savaient que leur candidat ne gagnerait pas, mais ils voulaient montrer que leur groupe ethnique était fort.» Derrière Qanouni, l'ancien ministre de l'Education, qui a récolté 16% des voix, Mohammad Mohaqiq, le leader de la communauté hazara, a obtenu 12% des suffrages, et Rachid Dotom, le seigneur de la guerre ouzbek, 10%, tandis que Karzaï lui-même a surtout fait le plein de voix parmi les Pachtounes, son ethnie.
Maintenant qu'ils ont fait la preuve de leur force dans leur fief respectif – quitte à recourir à une dose de coercition –, ces trois adversaires s'imposent comme des interlocuteurs incontournables à l'heure de constituer un gouvernement. Or Hamid Karzaï avait justement promis de ne pas former un cabinet de coalition. Ses proches conseillers faisaient valoir que les défis qui l'attendent nécessitaient la constitution d'une équipe gouvernementale plus resserrée que le cabinet pléthorique en place depuis trois ans, certes représentatif des différents groupes ethniques du pays, mais à la compétence discutable.