La première analyse de la quasi totalité des gènes des bactéries hébergées par notre tube digestif, ou métagénome, montre que les hommes partagent une flore intestinale relativement semblable, contrairement à ce que l’on croyait.

La connaissance de cet énorme répertoire de 3,3 millions de gènes, soit 150 fois plus que dans le génome humain, ouvre de nombreuses perspectives d’applications dans le domaine de la nutrition et de la santé humaine, selon les chercheurs. Ce séquençage de 85% des gènes de la flore intestinale réalisé par un consortium international coordonné par l’Institut national de la recherche agronomique (Inra) est publié dans l’édition de jeudi de la revue scientifique britannique Nature.

Selon l’étude, un millier d’espèces bactériennes sont habituellement présentes en grande quantité dans l’intestin humain, chaque individu en abritant au moins 170. De plus, contrairement à ce qui était établi, ces résultats démontrent que les hommes sont relativement semblables du point de vue de la composition de leur flore intestinale.

Ce métagénome, établi à partir de 124 sujets représentatifs des populations nordiques et méditerranéennes, est issu du projet européen de caractérisation génétique de la flore intestinale humaine (MetaHIT).

Grâce à ce gigantesque travail, «on va pouvoir étudier les modifications et les déséquilibres de la flore digestive selon l’état de santé (maladies inflammatoires chroniques de l’intestin comme la maladie de Crohn, allergies, obésité..) ou l’alimentation (yaourts, probiotiques type levures et bactéries...), la prise de médicaments», a expliqué Stanislav-Dusko Ehrlich, coordinateur de MetaHIT.

Ces recherches pourraient déboucher sur des tests de diagnostic et des pronostics. «A l’avenir, on entrevoit la possibilité de modifier la flore pour améliorer la santé et le bien-être. Cela ouvre la possibilité d’une prévention par l’alimentation et de traitements plus appropriés, adaptés à chacun selon sa flore et ses prédispositions génétiques», ajoute le chercheur.

Le rôle des micro-organismes dans le développement immunitaire et son vieillissement pourra être mieux compris.

Au total, 6000 fonctions chez chaque individu constituent le métagénome minimum requis pour le fonctionnement de l’écosystème intestinal. Elles englobent la synthèse de vitamines et des acides aminés indispensables à l’homme ou à la dégradation des sucres complexes importants pour notre alimentation.

MetaHIT, lancé en 2008, regroupe neuf organismes de recherche européens, quatre industriels (dont Danone) et un institut chinois (www.metahit.eu).