En août 1947, l'Inde britannique s'émancipe. Face à Gandhi et Nehru, Muhammad Ali Jinnah, le père du Pakistan, refuse l'idée d'un seul Etat et il s'ensuit un découpage sanglant du pays entre l'Inde et le Pakistan (environ 1 million de morts et 17 millions de personnes déplacées). Hari Singh, le maharadjah hindou du Cachemire peuplé en majorité de musulmans (mais considéré par les Indiens comme un berceau de l'hindouisme), envisage l'indépendance de sa principauté. Suite à l'incursion des tribus pathanes soutenues par le Pakistan, il fait appel aux troupes de New Delhi et accepte d'adhérer à l'Union indienne. Cette première guerre indo-pakistanaise s'achève le 1er janvier 1949 par un cessez-le-feu sous l'égide de l'ONU. Le Cachemire est divisé en deux parties: un tiers revient au Pakistan, l'Azad-Kashmir; deux tiers à l'Inde, l'Etat du Jammu-et-Cachemire. Des résolutions de l'ONU prévoient un référendum d'autodétermination, qui n'aura jamais lieu.

Après l'occupation par la Chine d'une partie du Cachemire sous contrôle indien (région du Ladakh) en 1959, la deuxième guerre indo-pakistanaise éclate du 5 août au 22 septembre 1965. Une insurrection indépendantistes des musulmans au Cachemire soutenus par le Pakistan provoque une contre-attaque indienne contre le Punjab pakistanais. L'URSS s'entremet pour obtenir un nouveau cessez-le-feu qui conserve la ligne de contrôle fixée en 1949.

Le troisième conflit indo-pakistanais, en 1971, aboutit à la sécession du Bangladesh du Pakistan. En juillet 1972, lors des accords de Simla, l'Inde et le Pakistan promettent le maintien du statu quo au Cachemire jusqu'à l'issue pacifique du conflit. Deux ans plus tard, l'Inde fait exploser son premier engin nucléaire dans le désert du Rajasthan. Le Pakistan s'engage aussitôt dans un programme nucléaire avec l'aide de la Chine. Lorsque l'URSS envahit l'Afghanistan, en 1979, le Pakistan aide les moudjahidin afghans avec le soutien de l'Occident, alors que New Delhi continue d'entretenir de bons rapports avec Moscou.

Durant les années 80, l'Inde accuse Islamabad d'armer et d'entraîner les guérilleros sikhs qui luttent pour la création d'un Etat indépendant au Pendjab indien, frontalier du Pakistan. Islamabad récuse ces accusations alors qu'Indira Gandhi est assassinée par ses gardes du corps sikhs (1984). A partir de1989, des séparatistes musulmans s'engagent dans une nouvelle insurrection armée au Cachemire (qui a provoqué 30 000 morts jusqu'à nos jours). New Delhi affirme que le Pakistan apporte son soutien à la rébellion, ce qu'Islamabad dément. Par la suite (1993), c'est au tour du Pakistan d'accuser l'Inde d'aider des insurgés dans la province pakistanaise du Sind. Puis, en 1996, les premières élections provinciales au Cachemire depuis le début de l'insurrection séparatiste donnent la victoire à un parti musulman favorable au maintien du Cachemire au sein de l'Union indienne, mais qui réclame davantage d'autonomie.

Les deux pays accèdent au rang de puissances nucléaires en 1998 et font l'objet de sanctions internationales. En février 1999, dans la «déclaration de Lahore», ils s'engagent à discuter du Cachemire et prennent des mesures pour éviter les risques d'une guerre nucléaire. Mais entre mai et juillet 1999, des affrontements éclatent à nouveau lorsque l'armée pakistanaise traverse la ligne de contrôle à Kargill. Après la guerre du Kosovo, Islamabad est favorable à une internationalisation du conflit pour trouver une solution. Ses troupes doivent toutefois battre en retraite. Le premier ministre Nawaz Sharif est renversé par un coup d'Etat militaire en octobre 1999 et remplacé par le général Pervez Musharraf. En novembre 2000, le premier ministre nationaliste indien Atal Behari Vajpayee annonce un cessez-le-feu unilatéral, reconduit en février 2001. Le Pakistan s'engage à une plus grande retenue, ce qui permet la tenue, en juillet 2001, d'un sommet indo-pakistanais à New Delhi qui s'achève toutefois sans accord sur le Cachemire.

Le 13 décembre 2001, un attentat contre le parlement indien fait 14 morts dont les cinq assaillants. New Delhi accuse deux organisations islamistes – luttant pour le rattachement du Cachemire au Pakistan – d'avoir commandité l'attaque et demande la tête des responsables. Dans le contexte de l'après-11 septembre, c'est à présent New Delhi qui cherche à internationaliser le conflit au nom de la lutte contre le terrorisme international. Sous pression américaine, Islamabad arrête sur son territoire le chef de l'un de ces mouvements.

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