En cette fin février, la Suisse se prépare à rouvrir ses commerces non essentiels, avant ses restaurants et ses cinémas, le tout à la faveur d’une situation épidémiologique dont tous les indicateurs passent au vert. Tous ou presque, car la menace des variants plane toujours au-dessus de l’Europe. Les scientifiques appellent, à raison, à la mise en place, au plus vite, d’un véritable réseau de surveillance génétique des virus circulant en Suisse.

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De quoi parle-t-on? D’un «pipeline» qui collecte les échantillons de génomes viraux identifiés positifs lors du dépistage et les achemine vers des plateformes de séquençage à haut débit. Un réseau informatique assure un recueil des séquences obtenues et permet de les comparer à d’autres séquences identifiées en Suisse ou ailleurs, cela afin de détecter immédiatement l’émergence de variants inquiétants car plus contagieux ou échappant aux vaccins.

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Le Danemark, champion du séquençage

Champion européen en la matière, le Danemark a fait de la surveillance génétique un pilier de sa stratégie anti-covid. C’est grâce à celle-ci qu’a été découverte l’existence, dans des élevages de visons, d’un variant du SARS-CoV-2 susceptible d’échapper aux vaccins, déclenchant un abattage immédiat et massif des bêtes afin d’éviter toute propagation aux humains.

A Genève aussi, la surveillance génomique a fait ses preuves. C’est là qu’a été découvert le premier variant dit brésilien sur le sol suisse. Une telle information a permis de prendre les devants et d’empêcher sa propagation plus avant.

La Suisse a largement les moyens de ses ambitions. Elle dispose de confortables capacités de séquençage et de laboratoires diagnostiques qualifiés. Les analyses bio-informatiques, utilisées notamment pour comparer les génomes, sont déjà validées. Le coût n’est pas non plus un obstacle: séquencer 2500 génomes par semaine coûterait 160 000 francs, somme dérisoire comparée au coût d'un nouveau confinement qui se chiffre en milliards.

Les scientifiques sont dans les starting-blocks, ne manque plus que la volonté politique pour concrétiser ce plan. L’immunité collective conférée par la vaccination devient un objectif tangible. Tous les moyens doivent être mis en œuvre pour ne pas manquer cette porte de sortie.

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