Sable chaud et mer d’azur, pour ceux qui ont la chance de pouvoir partir en vacances la recette semble parfaite pour oublier un peu la pandémie qui secoue l’ensemble de la planète depuis six mois maintenant. Si vous aviez prévu de passer vos vacances sur une plage française, bonne nouvelle, le SARS-CoV-2 semble absent des eaux côtières.

Depuis la mi-avril, des chercheurs de l’Ifremer (Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer) réalisent des prélèvements d’eau de mer et de coquillages sur les trois façades maritimes métropolitaines pour y détecter la présence du coronavirus. Les premiers résultats publiés le 18 mai dernier montraient une absence du virus dans les 21 premiers échantillons, mais l’Ifremer poursuit cette campagne. Jeudi, lors d’une conférence de presse, l’institut a confirmé que jusqu’à présent aucune trace du SARS-CoV-2 n’a été observée dans la centaine de prélèvements effectués.

Des eaux usées aux littoraux

Ces observations ont débuté après que la présence du virus eut été identifiée dans les eaux usées en région parisienne et dans d’autres pays, en avril. Des échantillons sont ainsi prélevés tous les quinze jours dans des zones maritimes identifiées comme exposées aux sources de contamination fécale d’origine humaine. «Si le SARS-CoV-2 se retrouve dans l’environnement, la voie d’apport se fera forcément par des rejets humains, affirme Soizick Le Guyader, virologiste et responsable du laboratoire nantais Santé, environnement et microbiologie (LSEM) de l’Ifremer. Normalement, ces rejets arrivent dans les stations d’épuration, mais il peut y avoir des accidents lors du traitement, et surtout, il y a parfois des problèmes sur les réseaux d’évacuation ou des événements climatiques qui entraînent des déversements d’eaux usées directement sur le littoral.»

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La méthode utilisée sur les littoraux est la même que celle qui a permis la détection de traces du génome du virus dans les réseaux d’eaux usées via l’utilisation de tests PCR (tests de diagnostic moléculaire mettant en évidence la présence d’un virus). Pour les études réalisées sur les eaux usées, sa détection avait nécessité une concentration des particules virales pour permettre de réaliser les tests.

Dans le cadre de leur campagne, les chercheurs de l’Ifremer ont prélevé des échantillons d’eau de mer, mais surtout des échantillons de coquillages. «Le coquillage est pris comme un intégrateur et une sentinelle de la contamination, précise Soizick Le Guyader. Prélever de l’eau de mer et l’analyser, c’est compliqué, on s’attendait à trouver des traces très faibles de virus dans l’environnement alors que le coquillage va filtrer les particules.» Le coquillage joue donc un rôle de concentrateur du virus s’il est présent dans l’environnement.

Cette méthode de détection a déjà fait ses preuves avec d’autres virus comme les norovirus à l’origine des épidémies de gastroentérite. «Il y a de temps en temps des épidémies de gastroentérite liées à la consommation d’huîtres. Nous développons nos recherches pour expliquer comment ces virus passe de l’homme aux stations d’épuration puis au littoral, et comment ils peuvent rester infectieux plusieurs jours, voire des semaines, dans les huîtres, détaille Soizick Le Guyader. Mais les norovirus sont des virus nus, très différents des coronavirus, qui présentent une persistance dans l’environnement très importante.» D’ailleurs, si les premiers prélèvements réalisés ont montré une absence du SARS-CoV-2, six des échantillons de coquillages étaient positifs aux norovirus.

Infectieux dans l’eau?

En parallèle, l’Ifremer a également effectué des prélèvements d’eaux usées avant traitement dans trois stations d’épuration de l’ouest de la France. Neuf de ces treize échantillons ont confirmé la présence du SARS-CoV-2, mais dans une concentration plus faible que l’étude réalisée en région parisienne. L’action du traitement des stations d’épuration est une des raisons qui permettraient d’expliquer l’absence du coronavirus dans les eaux côtières, ainsi qu’un phénomène de dilution plus important dans l’eau de mer. «De plus, le SARS-CoV-2 est un virus enveloppé, et contrairement à ce que l’on pourrait croire la présence d’une enveloppe est un élément de fragilité», souligne Soizick Le Guyader. L’Ifremer fait aussi partie du projet Obepine qui vise à surveiller la circulation du virus dans les eaux usées françaises.

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Il faut également noter que les tests PCR réalisés ne renseignent pas sur l’état du virus. Si on sait désormais qu’il est présent dans les eaux usées et dans certaines eaux de surface, rien n’indique qu’il soit contagieux pour autant. «Nous n’avons pas d’information sur la présence de l’enveloppe, précise Soizick Le Guyader. La capside est probablement intacte sinon le génome serait dégradé, mais on ne sait pas si le virus est complet. La question de l’infectiosité se posera si on en trouve des concentrations importantes dans l’eau de mer.»

Pour le moment donc, il n’y a pas vraiment de raison de s’inquiéter de tomber malade en buvant la tasse à la plage cet été. «Nous n’avons pas encore fait d’étude de stabilité du virus dans l’eau de mer et il n’y a pas encore de publication sur le sujet, précise Soizick Le Guyader. Par contre, si une personne infectée se baigne, je pense que le risque principal, c’est la proximité, comme sur la terre ferme. Il est donc important d’appliquer les gestes de prévention aussi pendant nos vacances d’été.»