Notre ADN comporte toutes sortes de curiosités. Notamment des «fossiles de virus» qui dorment depuis des millions d’années, lovés au sein de notre code génétique. Une équipe de l’EPFL, qui publie aujourd’hui ses travaux dans la revue Nature, a mis en évidence un mécanisme qui permet à notre organisme de neutraliser ces dangereux passagers clandestins.

Près de la moitié de l’ADN des être humains est constitué d’éléments dit transposables, qui sont capables de se déplacer dans le génome. Si on ne sait pas toujours comment ils sont arrivés là, au moins un quart d’entre eux sont d’origine virale. Ce sont pour la plupart des vestiges de rétrovirus, comme le VIH. En effet, ceux-ci «copient-collent» leur code génétique dans celui des cellules qu’ils infectent pour qu’elles se chargent de le répliquer. «Si c’est une cellule germinale (qui formera un ovocyte ou un spermatozoïde, ndlr), cette modification se transmettra à la descendance de l’hôte infecté», explique Didier Trono, professeur à la Faculté des sciences de la vie de l’EPFL, qui a dirigé l’étude.

La semaine dernière, dans Nature également, des chercheurs Américains et Japonais rapportaient toutefois la première découverte d’un agent infectieux qui n’est pas un rétrovirus au sein de notre génome. Il s’agit d’un bornavirus, qui touche les animaux à sang chaud, provoquant des crises de folie, chez le cheval notamment.

«Il y a manifestement eu deux grandes vagues «récentes» d’invasion de notre ADN par des virus, il y a 100 et 50 millions d’années, poursuit Didier Trono. Elles coïncident avec des phases importantes de l’évolution comme l’expansion des mammifères et ensuite des primates anthropoïdes.» En effet, les intrus avaient un potentiel hautement mutagène. «Ils ont tendance à s’intégrer tout près des gènes, à des endroits où ils modulent leur expression. Ou carrément au milieu, les empêchant de fonctionner.» Si la déformation de l’information génétique se montre la plupart du temps délétère, elle peut aussi faire émerger des variations inattendues et être un moteur de l’évolution. Des séquences d’origine virale ont d’ailleurs même trouvé une nouvelle fonction au sein de notre ADN, comme le gène syncytin, vital pour la formation du placenta.

Mais si certains organismes – parmi lesquels nos ancêtres – ont survécu aux invasions, c’est qu’ils sont parvenus à contrôler ces squatters remuants. Ils le font grâce à des protéines capables de reconnaître les séquences virales et de les inhiber. Les chercheurs lausannois ont mis en évidence un protéine maîtresse, appelée KAP1, qui orchestre le processus de neutralisation. Ils l’ont supprimée chez des embryons de souris. Le réveil des «archéovirus» entraîne la mort des organismes au bout de quelques jours de développement seulement. Ils provoquent d’innombrables mutations, «une sorte de cataclysme», selon Didier Trono.

Cette découverte pourrait notamment aider à comprendre comment certains virus, comme le VIH ou celui de l’herpès, peuvent rester latents au sein d’une cellule. «Ils entrent en dormance et échappent ainsi au système immunitaire et aux traitements, relève le chercheur. C’est pourquoi, même après des années de trithérapie, le VIH est toujours là, et si on arrête, il peut se réveiller à tout moment.» Il se pourrait que ce soit nos propres cellules qui inhibent le virus pour se défendre. A terme, il sera peut-être possible de mettre au point des traitements qui les «forcent à sortir du bois», ajoute Didier Trono.