En desserrant progressivement l’étau des mesures sanitaires en mars, la Suisse entrera dans une période de transition qui la mènera du semi-confinement à l’immunité collective tant espérée. Si elle veut bien négocier ce virage, et éviter de perdre à nouveau le contrôle de la pandémie, elle devra s’assurer du succès de sa stratégie de dépistage et de la surveillance des variants génétiques du virus.

Sur le front des tests, le débat porte sur la pertinence de leur intensification, et, le cas échéant, sur le modèle à appliquer. Le canton des Grisons a effectué 28 000 tests depuis le 1er février, pour une population autochtone d’environ 200 000 habitants. Il a vu depuis le nombre de nouvelles infections baisser de 65%, contre 34% dans le reste du pays, écrit le Tages-Anzeiger. Mais difficile de dire si ce résultat est dû ou non à cette campagne de dépistage somme toute loin d’être généralisée.

«Mener des tests à grande échelle demande une importante logistique, notamment pour effectuer les prélèvements», rappelle Didier Trono, responsable de la plateforme «testing» de la task force scientifique suisse. Une personne formée est capable de réaliser 80 frottis naso-pharyngés par jour, et chaque habitant devrait être testé tous les quelques jours, ce qui donne une idée des moyens à déployer à l’échelle du pays.

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Tests antigéniques en renfort

L’arrivée de prélèvements salivaires pour les tests PCR, comme c’est le cas dans les Grisons, facilite néanmoins cette logistique et autorise une montée en capacité. Mais puisqu’il s’agit toujours de PCR, les limitations propres à cette méthode demeurent: les échantillons doivent être envoyés en laboratoire et plusieurs heures sont nécessaires avant de connaître les résultats. Surtout, les capacités en PCR ne sont pas illimitées: Didier Trono les estime à 50 000 par jour, insuffisant pour mener une véritable campagne de dépistage massif.

Avec la baisse du taux de positivité, tester en masse perd en pertinence

Avec une obtention plus rapide du résultat, les tests antigéniques offrent une complémentarité intéressante. Leur moindre sensibilité est certes un inconvénient pour dépister toute la population, mais les cas symptomatiques, qui s’accompagnent généralement d’une forte charge virale, sont bien détectés par cette technique. Dans ce contexte, ces tests pourraient s’avérer précieux dans les semaines qui viennent, car ils devraient permettre d’identifier la majeure partie des individus contagieux.

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«Plutôt que d’envisager des tests PCR généralisés, il vaudrait mieux cibler les endroits où l’on suspecte la présence de clusters, afin de les circonscrire rapidement grâce à ces tests antigéniques», suggère Didier Trono. En outre, tester en masse la population alors que le taux de positivité est à la baisse – de 16% en janvier, il n’est plus que de 5% ces jours – s’avère moins pertinent: mieux vaut se concentrer sur les personnes symptomatiques et les contacts des individus infectés, l’inverse risquant d’exiger beaucoup d’efforts pour très peu de cas confirmés.

C’est en somme une approche pragmatique, facile à mettre en œuvre, en attendant que l’incidence diminue à mesure que progresse la vaccination. Mais attention, ajoute Didier Trono: un test antigénique négatif ne permet pas d’exclure une infection nouvellement contractée. Pour une surveillance au long cours, il demande à être répété à intervalles rapprochés.

Surveillance des variants génétiques

L’autre pilier du contrôle de l’épidémie concerne la surveillance des variants génétiques du virus. Restaurants, vie culturelle et sportive, voyages sont autant de secteurs qui pourraient favoriser la circulation des variants. Comment les repérer?

«Nous avons besoin d’un échantillonnage des virus détectés dans toute la Suisse afin de repérer immédiatement des mutations inquiétantes. Cela permettrait de vérifier au plus vite si ces variants échappent ou non aux anticorps, et de faire remonter les informations aux fabricants de vaccins si nécessaire», plaide Didier Trono.

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Feu vert de l’OFSP attendu

Une surveillance génétique supposerait de collecter des échantillons identifiés comme positifs par les laboratoires et de les acheminer vers des plateformes de séquençage à haut débit tels qu’il en existe à Genève, à Zurich, et dans quelques hôpitaux.

Une fois la séquence du génome déterminée, elle pourrait alors être comparée à celles d’autres isolats récoltés en Suisse ou ailleurs dans le monde, de manière à détecter immédiatement, par le biais d’analyses bio-informatiques déjà validées au sein d’un réseau national, l’émergence de variants suspects, des chaînes de transmission insoupçonnées ou d’autres éléments pertinents au contrôle de l’épidémie.

Le protocole de collecte des échantillons est prêt. «Il est important d’obtenir des spécimens offrant une bonne représentativité géographique et démographique», poursuit le scientifique, dont l’objectif est de séquencer rapidement de 2000 à 3000 virus par semaine dans toute la Suisse. Il attend pour cela le feu vert – et surtout le financement y relatif – de l’OFSP. «L’office étudie la question… Les choses avancent, disons, doucement», commente-t-il avec une sobriété néanmoins éloquente.