Ebola et VIH, ces virus venus de la forêt

Epidémies Sida et fièvre Ebola sont des maladies infectieuses passées d’animaux sauvages à l’homme

Le risque de transmission s’accroît à mesure que les activités humaines s’étendent dansdes zones isolées

Il a suffi d’un seul contact entre un être humain et un singe malade – à l’occasion d’une chasse ou lors de la préparation de la viande de l’animal – pour que l’épidémie du sida démarre. C’est ce que confirme une étude, parue récemment dans la revue Science , et qui retrace très précisément l’itinéraire du VIH, depuis son berceau au cœur de la forêt africaine jusqu’à la pandémie qu’on connaît aujourd’hui et ses 36 millions de morts.

Quant à la fièvre hémorragique Ebola qui sévit actuellement en Afrique de l’Ouest, elle serait également issue d’un animal sauvage, probablement une chauve-souris. Ces deux épidémies soulignent la menace que représentent les maladies transmises par les animaux, ou zoonoses, à travers le monde. Les nouvelles pathologies issues d’animaux sauvages, en particulier, pourraient se multiplier à mesure que les activités humaines se développent au sein d’espaces naturels jusque-là préservés.

L’origine animale du virus du sida est suspectée depuis la découverte, à la fin des années 1980, de chimpanzés porteurs d’une souche de «virus d’immunodéficience simienne» très proche de celui qui se répand alors à grande vitesse chez les êtres humains. La nouvelle étude publiée dans Science va toutefois beaucoup plus loin que cette présomption initiale, en documentant étape par étape l’émergence du virus. Pour y parvenir, les chercheurs ont effectué des analyses génétiques sur un grand nombre d’échantillons de VIH, prélevés au cours du XXe siècle auprès de populations résidant dans ce qui correspond à l’ancien Congo belge. «Cette région abrite la plus grande diversité génétique du VIH au monde, ce qui suggère qu’il s’agit du foyer de l’épidémie, le virus ayant besoin de temps pour évoluer et se diversifier», explique Martine Peeters, virologue à l’Institut français de recherche pour le développement et l’une des auteurs de l’article.

Les scientifiques ayant une bonne connaissance de l’évolution du VIH et en particulier du nombre de mutations apparaissant dans son génome pendant un temps donné, il leur a été possible de retracer l’histoire de ce virus, et de la comparer aux changements sociaux qui survenaient en Afrique à la même époque. Selon leur hypothèse, la première contamination entre un chimpanzé et un homme a dû se produire autour de 1900 au Cameroun, d’où sont originaires les singes porteurs du virus d’immunodéficience simienne proche du nôtre. L’homme infecté se serait alors rendu à Kinshasa, l’actuelle capitale de la République démocratique du Congo (RDC), où l’épidémie humaine aurait véritablement débuté.

A en croire les scientifiques, le développement du chemin de fer au cours des décennies suivantes a largement contribué à la dissémination du virus à travers le pays, tout comme (notamment) le développement de la prostitution et l’usage de seringues non stérilisées. C’est enfin par l’intermédiaire de travailleurs haïtiens que le VIH aurait voyagé d’Afrique jusqu’aux Etats-Unis au cours des années 1960. «Nos analyses montrent qu’il existe différents groupes de VIH dans les populations d’Afrique centrale, ce qui suggère que le passage du virus entre le chimpanzé et l’être humain s’est produit plusieurs fois. Mais un seul groupe de virus, dit VIH1-M, est devenu pandémique. Il devait posséder des caractéristiques bien adaptées à l’homme», avance Martine Peeters.

Le virus qui cause la fièvre hémorragique Ebola sort également de la forêt tropicale africaine, par l’intermédiaire d’animaux sauvages. «Les primates comme les gorilles et les chimpanzés sont à l’origine de cas avérés de contaminations humaines. La transmission se fait lorsque ces animaux sont chassés et dépecés pour être mangés, ce qui entraîne un contact avec du sang contaminé», indique Eric Leroy, directeur du Centre national de recherches médicales de Franceville, au Gabon.

En 2005, ce chercheur et son équipe ont montré que certaines espèces de chauves-souris frugivores pouvaient être porteuses du virus Ebola sans être elles-mêmes malades; on parle dans ce cas d’espèces «réservoir» de la maladie. Les chauves-souris contamineraient les grands singes lors de regroupements autour d’arbres porteurs de fruits. «Il y a par ailleurs de fortes présomptions que ces chauves-souris, qui sont également consommées en Afrique, puissent transmettre directement le virus aux êtres humains», relève Eric Leroy. Les enquêtes épidémiologiques sur l’épidémie actuelle d’Ebola en Afrique de l’Ouest pointent d’ailleurs vers l’infection initiale d’un enfant exposé au virus tandis que sa mère préparait un repas de viande de chauves-souris.

L’épidémie actuelle d’Ebola se distingue de celles ayant sévi par le passé à plusieurs titres. D’abord, par sa localisation géographique: c’est la première fois que la maladie apparaît en Afrique de l’Ouest, les précédentes épidémies étant plutôt situées en Afrique centrale. «Plusieurs des espèces de chauves-souris suspectées de servir de réservoir à Ebola sont communes en Afrique subsaharienne et pourraient migrer sur de longues distances, il est donc possible qu’une d’entre elles ait apporté le virus en Guinée, d’où est partie l’épidémie, estime le virologue de l’Université américaine Tulane, dans un article publié dans la revue PLOS Neglected Tropical Diseases . «Il est aussi possible que le virus Ebola ait toujours circulé dans cette région mais ne se soit jusqu’alors jamais révélé, peut-être en raison de pratiques culinaires différentes entre l’Afrique de l’Ouest et du centre, suggère Eric Leroy. Le risque de transmission de virus est par exemple très réduit lorsque la viande est boucanée, c’est-à-dire fumée.»

Plus étonnante et dramatique est l’ampleur prise par cette épidémie. «Depuis la première apparition du virus en 1976 dans ce qui était alors le Zaïre, aujourd’hui la RDC, Ebola n’a causé que des épidémies rapidement circonscrites et beaucoup moins meurtrières que celle qu’on connaît aujourd’hui», souligne l’historien de l’Université de Lausanne Jean Batou. Comment expliquer la rapidité de propagation actuelle du virus? «Le fait qu’Ebola ne soit pas une maladie connue en Afrique de l’Ouest a sans doute joué un rôle dans la lenteur de la réponse publique, mais cette lenteur est due avant tout à l’effondrement des systèmes de santé, aggravé par les plans d’économies imposés à ces Etats endettés, estime l’historien.

L’endroit où le virus a surgi n’est pas non plus anodin. «Cette région, située aux confins de la Guinée, de la Sierra Leone et du Liberia, est totalement sinistrée du fait de récentes guerres civiles et connaît une importante déforestation», relate Jean Batou. «La pauvreté amène les gens à plonger de plus en plus loin en forêt pour trouver des animaux à chasser et du bois pour faire du charbon, ce qui accroît leur risque d’être exposés au virus Ebola et à d’autres zoonoses dans ces zones reculées», confirme Daniel Bausch, qui explique avoir été témoin du «dé-développement» récent du sud de la Guinée, où il a mené des projets de recherche pendant une dizaine d’années.

«Plus les activités humaines se développent au cœur des forêts tropicales, plus le risque de contact avec de nouveaux organismes pathogènes s’accroît», juge de son côté Martine Peeters, qui n’exclut pas l’idée que d’autres zoonoses puissent émerger de ce milieu. La virologue mène d’ailleurs des études sur les primates en Afrique, pour tenter de déceler d’autres virus potentiellement transmissibles à l’être humain. Quant à Eric Leroy, il participe à des programmes de surveillance de diverses espèces chassées comme «viande de brousse» au Gabon, telles que les porcs-épics et les gazelles.

L’organisation d’aide au développement américaine Usaid ne s’y est pas trompée non plus, en lançant en 2009 le programme «Predict» qui vise à détecter les maladies pouvant survenir à l’interface entre les animaux sauvages et les êtres humains. Déployé dans une vingtaine de pays en Afrique centrale, en Asie et en Amérique du Sud, le programme a déjà permis de découvrir quelque 800 virus, dont certains étaient jusqu’alors inconnus. Reste à savoir si ces approches seront suffisamment efficaces pour identifier et prévenir de futures zoonoses.

«La pauvreté amène les gens à plongerde plus en plus loinen forêt pour chasser et trouver du bois»