La plus jeune victime française du nouveau coronavirus s’appelle Julie. Elle avait 16 ans à peine et s’est éteinte fin mars dans l’Essonne. Après quelques jours de toux, elle avait été prise en charge à l’Hôpital Necker, où l’équipe avait fait un premier test du Covid-19, puis un deuxième. Tous deux sont négatifs. Mais à ce moment-là, son état se dégrade et un troisième test s’avère finalement positif. «On n’y croit pas. On se dit qu’ils se sont trompés. Et pourquoi ces résultats arrivent aussi tard?» s’interroge sa mère Sabine face aux médias.

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Après le début de l’épidémie, les tests sont arrivés assez rapidement sur le marché. Qu’ils soient mis en place dans les hôpitaux eux-mêmes ou développés par l’industrie, leur principe est le même: une amplification en chaîne par polymérase (PCR). Malgré son nom complexe, ce procédé biologique est assez simple: il réplique en grand nombre une séquence ADN afin de repérer un éventuel virus. Bernard Binetruy, chargé de communication scientifique à l’Institut national français de la santé et de la recherche médicale (Inserm), a pratiqué le PCR toute sa carrière. «C’est une technique quantitative extrêmement fiable, assure-t-il. Et elle dispose de contrôles internes, ce qui fait que quand le résultat est là, pas de doute, c’est blanc ou noir.»

Problème de prélèvement

Le point scientifique sur le coronavirus

Si la machine détecte le virus, impossible qu’elle fasse erreur. «Par contre, ajoute-t-il, comme toutes les technologies, elle a une sensibilité limite. Quand l’échantillon contient peu de virus, elle peut ne pas le détecter.» Si le test se trompe, ce n’est donc pas la faute de la machine, mais celle de la matière analysée… Au Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV), Thierry Calandra, chef du service des maladies infectieuses, ne peut qu’acquiescer. «Pour être correctement réalisé, le prélèvement doit être fait à l’aide d’un écouvillon introduit par le nez jusque dans le nasopharynx et que l’on va tourner plusieurs fois sur lui-même pour faire le frottis, explique-t-il. Si ce n’est pas fait correctement, il est possible que le résultat soit négatif.»

C’est pourquoi il est important que les personnes qui réalisent la manœuvre soient parfaitement formées. «S’il y a des doutes sur la qualité du frottis ou si le résultat est négatif lorsque le tableau clinique est évocateur, ajoute le médecin, un deuxième frottis doit être effectué.»

Le risque de renvoyer chez lui un patient négatif au coronavirus, alors qu’il est en fait contagieux, est faible

L’autre possibilité pour expliquer un «faux négatif», soit un résultat négatif chez un patient qui est pourtant bel et bien infecté, serait une charge virale très faible dans son nez et sa gorge, mais forte dans ses poumons. «Il arrive que les patients infectés ne présentent que peu ou pas de symptômes naso-pharyngés mais juste une toux, précise Thierry Calandra. Dans ce cas, le premier test pourra s’avérer négatif, mais sera positif au niveau pulmonaire après une intubation en cas d’évolution défavorable. Mais cela reste rare.» En outre, pour ne rien simplifier, la charge virale varie au cours du temps. Donc un test au Covid-19 négatif la veille peut devenir positif le lendemain.

Faux négatifs

Etant donné la rapidité de propagation du coronavirus, très peu d’études sont encore parues sur la sensibilité réelle des tests. «Selon la littérature, on compte environ 30% de faux négatifs avec les tests PCR», estime Damien Barraud, réanimateur au Centre hospitalier régional de Metz-Thionville, en France. Il cite notamment une étude chinoise publiée par la Société de radiologie nord-américaine, réalisée sur 1014 patients de Wuhan. Parmi ceux dont les tests PCR au Covid étaient négatifs, 75% présentaient des affections pulmonaires typiques sur leur scanner du thorax.

Dans la pratique, la dissonance des tests reste une exception. A l’Institut de microbiologie du CHUV, Gilbert Greub a réalisé plus de 14 000 tests PCR depuis le début de la pandémie. Sur ce total, seulement une quinzaine ont eu des résultats discordants alors qu’ils étaient prélevés à un ou deux jours d’intervalle. «Ce qui correspond à environ 2% de faux négatifs», précise-t-il. Le risque de renvoyer chez lui un patient négatif au coronavirus, alors qu’il est en fait contagieux, est donc faible.

En ce moment, son laboratoire pratique 500 tests par jour, et peut monter jusqu’à 2000 à 3000 si nécessaire. Une aubaine, dans la mesure où la Confédération souhaite désormais développer le dépistage à grande échelle. Un projet pilote vient d’ailleurs de démarrer dans le canton de Berne, sous la forme d’un «drive-in» auprès duquel des personnes sans ordonnance médicale peuvent venir se faire dépister.

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