Innover en agronomie, mais sans OGM

Biotechnologie La technique du «Smart Breeding» permet d’accélérer la sélection de nouvelles variétés agricoles

S’agit-il d’une alternative crédible aux organismes génétiquement modifiés?

Comment donner naissance à une fraise plus sucrée ou à un riz plus productif? L’approche traditionnelle, utilisée par les agriculteurs depuis des milliers d’années, consiste à croiser entre eux un grand nombre de plants et à garder, génération après génération, ceux qui possèdent les caractéristiques recherchées. Cela fonctionne bien, mais prend des années. Le Smart Breeding, aussi appelé «sélection assistée par marqueurs» (SAM) utilise la biotechnologie pour accélérer le processus. Cette technique agronomique en plein développement pourrait constituer une alternative aux organismes génétiquement modifiés (OGM), d’après un rapport récent intitulé Smart Breeding: la prochaine génération , publié par Greenpeace.

L’organisation de protection de la nature aimerait mieux faire connaître cette technique peu médiatisée. «Il y a 10 ans, elle en était encore à ses balbutiements, mais aujourd’hui elle est largement utilisée», affirme Janet Cotter, de l’Université britannique d’Exeter, qui a édité le rapport. Ce dernier recense quelque 136 variétés agricoles commerciales mises au point par SAM dans des laboratoires publics. Les grands semenciers privés ont également investi dans cette technologie. «Elle fait partie des standards de la sélection agricole du XXIe siècle et nous nous devons de la maîtriser», estime Toon Musschoot, de la communication de chez Syngenta Benelux. La SAM a d’ores et déjà été appliquée à de nombreuses cultures, qu’il s’agisse de céréales (riz, blé, etc.) ou de fruits et légumes (brocoli, poivrons, tomates, etc.).

Mais de quoi s’agit-il exactement? Dans la sélection classique, l’agronome observe en champs les caractéristiques des plantes – par exemple, la taille de la tige – et croise celles qui correspondent le mieux à ses attentes. Il lui faut ensuite attendre que les plantules issues de ces croisements poussent, afin de déterminer lesquelles ont reçu les traits attendus. Avec la SAM, pas besoin d’attendre que les plantules grandissent, on recherche directement dans leur génome des «marqueurs», c’est-à-dire des séquences d’ADN correspondant à des gènes (ou des groupes de gènes) d’intérêt agronomique.

Pour Greenpeace, l’intérêt majeur de cette technologie est qu’elle n’intervient pas directement sur le génome, comme c’est le cas avec les organismes génétiquement modifiés. «L’ADN de la plante n’est pas altéré et aucun gène venu de l’extérieur n’y est introduit durant le processus de sélection. Le Smart Breeding soulève moins de problèmes de sécurité que les OGM», juge ainsi le rapport, qui souligne que cette technologie est compatible avec l’agriculture biologique.

Autre aspect mis en avant par l’organisation environnementale, le Smart Breeding serait particulièrement efficace pour sélectionner des traits complexes, c’est-à-dire faisant intervenir plusieurs gènes, comme c’est souvent le cas pour les résistances aux pathogènes. «Avec les OGM, il faut insérer les gènes d’intérêt les uns après les autres par ingénierie génétique, alors que dans le Smart Breeding, on peut sélectionner plusieurs gènes en même temps», relève Janet Cotter.

Les deux tiers des variétés recensées dans le rapport de Greenpeace ont été sélectionnées pour leur résistance à une maladie. Parmi les nombreux exemples cités figure un riz résistant au pathogène Xanthomonas oryzae , une des principales menaces en riziculture inondée, qui a été mis au point en Chine. De son côté, Syngenta a été l’année dernière sous le feu des critiques pour avoir breveté une variété de poivron résistant aux insectes, obtenue par SAM en croisant un poivron commercial et une variété sauvage issue de Jamaïque. D’autres traits complexes, telle la résistance à la sécheresse, pourraient aussi être sélectionnés par Smart Breeding, même si, pour l’heure, les variétés commerciales disponibles sont peu nombreuses. «Avec les changements climatiques, cette méthode va s’imposer et les OGM appartiendront à l’histoire», considère Janet Cotter.

S’ils ne nient pas l’intérêt de cette technologie, certains spécialistes de la sélection agronomique se montrent plus mesurés. «L’une des limites de cette technologie est qu’elle est très coûteuse, car elle nécessite des outils d’analyse sophistiqués. C’est pourquoi, nous l’utilisons uniquement pour sélectionner des caractères difficilement observables à l’œil nu, comme les résistances aux maladies», explique Odile Moulet, agronome à l’institut fédéral de recherche agricole Agroscope. Dans son rapport, Greenpeace met l’accent sur la participation des agriculteurs aux programmes de sélection. «Mais, pour l’heure, cette technologie n’est accessible qu’aux grands instituts de recherche, avec seulement quelques programmes pour améliorer des variétés pour les paysans du Sud», indique le biologiste de l’Ecole polytechnique fédérale de Zurich Hervé Vanderschuren. Lui-même développe un manioc OGM résistant à deux virus courants en Afrique et s’agace que Greenpeace «dicte ce qui est acceptable ou non dans la biotechnologie».

Par ailleurs, pour les scientifiques interrogés, OGM et Smart Breeding ne devraient pas être opposés: «Ce sont deux techniques complémentaires, l’une permettant d’apporter à la plante un gène souhaité de manière très précise, l’autre améliorant la sélection de plusieurs caractères», indique Odile Moulet. «Il peut être intéressant, dans certains cas, de combiner les deux. Cela a été fait par exemple pour le coton Bt, un OGM capable de produire des insecticides, qui a été croisé par Smart Breeding avec des variétés locales avant d’être cultivé en Inde», relate Hervé Vanderschuren.

Enfin, l’argument lié à la sélection de traits complexes ne serait qu’en partie justifié. «D’une part, certains OGM combinent plusieurs gènes d’intérêts, d’autre part, même avec le Smart Breeding, il est difficile de faire de la sélection sur plus de 6 ou 7 gènes ou groupes de gènes différents», affirme Odile Moulet. Cette dernière voit tout de même dans le Smart Breeding une technique d’avenir. «Jusqu’à présent, les cartes recensant les marqueurs d’intérêt en SAM n’existaient que pour certaines cultures, mais elles sont de plus en plus complètes et accessibles. De plus, cette technologie est un excellent outil pour améliorer le rendement, un caractère crucial», indique la biologiste. Et Greenpeace de rappeler que le coût des outils d’analyse du génome ne cesse de baisser, ce qui devrait concourir à démocratiser encore davantage le Smart Breeding.

«Cette technologie n’est accessible qu’aux grands instituts de recherche, et rarement aux paysans du Sud»