Manger varié, pour vivre sainement – et longtemps. Un adage paraissant banal, mais déterminant, surtout lorsque l’on avance en âge. Des chercheurs du University College de Cork (Irlande) expliquent les mécanismes en jeu, après avoir étudié, chez des personnes âgées, des micro-organismes largement responsables d’une bonne santé: les légions de bactéries qui peuplent le tube digestif. Ils ont présenté leurs résultats le 13 juillet à Dublin, au European Science Open Forum, la plus vaste réunion scientifique du continent, après les avoir publiés le même jour dans la revue Nature.

«Nous avons pensé longtemps que les bénéfices d’une alimentation saine étaient essentiellement liés aux propriétés nutritives des aliments, de par leur influence sur les différentes fonctions des organes, commente Jérôme Pugin, microbiologiste à l’Université de Genève (Unige). Cet article établit un lien direct entre l’alimentation, la diversité des bactéries peuplant l’intestin et l’état de santé.» Car ces travaux sont le fruit d’une plongée détaillée dans un monde jadis nommé «flore intestinale», que l’on appelle «microbiote» depuis le lancement en 2007 du Human Microbiome Project visant à le caractériser.

Chaque être humain est habité. Par environ 100 000 milliards de bactéries et autres microbes – soit dix fois plus que le nombre de cellules du corps. De quelque 5000 types différents, ces unicellulaires constituent entre 1 et 3% du poids d’une personne! «Autant dire que ce microbiote agit comme un organe additionnel, aux fonctions importantes», avise Paul O’Toole, auteur de l’étude. Les bactéries du microbiote digestif aident à dégrader des aliments sinon indigestibles, à synthétiser des vitamines ou à détoxifier de nombreuses substances. De plus, ces infimes hôtes bienfaisants «occupent le terrain», les microvillosités de la paroi intestinale (près de 400 m2 de surface de contact!), et empêchent ainsi tout microbe pathogène de s’y installer. Enfin, elles participent à «éduquer» notre système immunitaire.

Sortant du cocon stérile qu’est le ventre de sa mère, le bébé naît sans microbiote. Il l’acquiert par contamination lors de l’accouchement, puis dans son environnement. En deux ans, l’enfant se constitue son propre microbiote, organisé en un écosystème hiérarchisé, dont la composition reste ensuite stable; deux gros tiers des espèces intestinales qu’héberge chaque adulte lui sont spécifiques, une fraction du reste étant plus ou moins partagée.

Depuis quelques années, on soupçonne que des déséquilibres ou une composition déficiente du microbiote seraient responsables de certaines affections, comme la maladie de Crohn (inflammation chronique de l’intestin), le syndrome du colon irritable, l’asthme ou surtout l’obésité. Une expérience menée à Washington en 2004 par Jeffrey Gordon a fait date: des souris élevées dans un milieu stérile, dans lesquelles a ensuite été introduite une population bactérienne issue du système digestif de souris obèses, ont développé un surpoids, quand bien même leur apport de nourriture avait été amoindri! Preuve que les bactéries ont une influence dans l’assimilation des aliments.

Pour déterminer les impacts chez l’homme, les chercheurs irlandais ont passé à la loupe la faune bactérienne présente dans les selles de 178 personnes, âgées en moyenne de 78 ans – il y a environ 100 milliards de bactéries par gramme de matière fécale. Ils ont aussi noté le lieu de résidence de ces gens (à la maison, en établissement médico-social (EMS) ou se rendant régulièrement dans un centre de soins), ainsi que leur régime alimentaire.

Résultats: «Les seniors qui vivent à domicile et soignent leur alimentation en y incluant beaucoup de végétaux et en modérant leur consommation de viande ont un microbiote plus diversifié que ceux qui demeurent en EMS, où les repas contiennent souvent des produits carnés, sont plutôt pauvres en végétaux et céréales, mais riches en graisses, dit Ian Jefferey, coauteur de l’étude. Pourquoi cette diversité est-elle cruciale? «Davantage de types de bactéries implique une meilleure fonctionnalité du microbiote, donc une modulation plus efficace du système immunitaire.» Or c’est justement ce qui a été observé: «La fragilité [face aux maladies] et les biomarqueurs d’une inflammation étaient plus importants dans le groupe dont l’alimentation était la moins variée», dit Paul O’Toole.

Pour Patrick Linder, également microbiologiste à l’Unige, «ces résultats, obtenus chez des personnes âgées – une première – sont très intéressants et prometteurs. Mais que le microbiote influence la santé ne m’étonne pas.» «On s’y attendait, admet Fergus Shanahan, coauteur de l’étude. Mais là, nous pouvons détailler les mécanismes microbiologiques qui lient l’alimentation à l’état de santé.» «Ces travaux ont été possibles par le développement récent de techniques de séquençage d’ADN à grande échelle, extrêmement puissantes, et par leur classement par des outils de bio-informatique», atteste Jérôme Pugin.

Paul O’Toole se veut clair: «Cette étude ne visait pas à décrier les EMS. D’ailleurs, les mets qu’ils proposent sont souvent variés. Ce sont les seniors qui choisissent toujours les mêmes, parce qu’ils ont des problèmes pour mâcher ou ont un peu perdu le sens du goût. Le message général est qu’il faut les encourager à diversifier leur alimentation.» «Il s’agit d’organiser autant que possible une structure globale et cohérente autour de la personne âgée, prenant en compte autant la qualité nutritionnelle que les soins», dit Mariam Seirafi, spécialiste en gastro-entérologie et hépatologie aux Hôpitaux universitaires de Genève, à la lecture de cette étude.

«Celle-ci montre aussi à quel point un antibiotique tue la biodiversité bactérienne du tube digestif et suggère un lien entre ces traitements, fréquents chez nos seniors institutionnalisés, et une certaine fragilité de santé», dit Jérôme Pugin. Et Paul O’Toole d’expliquer justement que, si le microbiote, atteint après une prescription d’antibiotiques, peut redevenir normal après un temps, cette capacité faiblit au fur et à mesure qu’augment le nombre de prises de ces médicaments.

«Ce travail pose aussi la question du bénéfice potentiel de repeupler, avec des capsules contenant une diversité de souches bactériennes issues d’une flore «normale», l’intestin de patients traités par antibiotiques, voire de malades présentant des problèmes immunitaires, infectieux ou inflammatoires chroniques», dit Jérôme Pugin. «Si l’on parvenait, par exemple par des bactéries lyophilisées, à modifier le microbiote chez les seniors, pour améliorer leur santé, ce serait phénoménal, abonde Patrick Linder. Ce domaine de recherches est dans l’air du temps, mais à ses débuts. Il faudra mener des études précises, en soumettant, dans un seul EMS, une moitié des résidents à un tel traitement», afin d’évaluer ses bénéfices.

«D’ici à 2030, la part de la population âgée sera plus importante, observe Paul Ross, du Moorepark Food Research Centre. Ces études sur le microbiote vont permettre à l’industrie alimentaire de développer des ingrédients utiles pour les seniors.» Au fait, qu’en est-il des produits qui existent déjà, appelés «probiotiques»: «Nous ne savons pas exactement à quel point ils sont utiles, répond Paul O’Toole. Car, d’une part, ils ne contiennent souvent qu’un seul type de bactéries, de l’autre, leur temps de vie dans le tube digestif n’est pas très long.»

«Si l’on parvenait à modifier la faune bactérienne pour améliorer la santé, ce serait phénoménal»