Potentiellement très contagieux et aux mutations multiples, un nouveau variant du Covid-19 a été détecté en Afrique. Son nom scientifique est «variant B.1.1.529.» L’organisation mondiale de la santé déclare le «suivre de près». Ce vendredi 26 novembre, l’OMS se réunira pour déterminer sa dangerosité.

Quel est le premier constat?

D’après le virologue Tulio de Oliveira, le variant B.1.1.529 découvert le 11 novembre au Botswana présente un nombre «extrêmement élevé» de mutations et a un «potentiel de propagation très rapide», résume-t-il lors d’une conférence de presse en ligne chapeautée par le ministère de la Santé sud-africain. Son équipe de l’institut de recherche KRISP, adossé à l’Université du Kwazulu-Natal, avait déjà découvert l’année dernière le variant B.1.351, dit Bêta, très contagieux.

Qu’engendrent ces mutations?

Selon les scientifiques, le variant B.1.1.529 présente au moins 30 mutations de la protéine Spike, contre 9 pour le variant Delta. Les métamorphoses du virus initial peuvent potentiellement le rendre plus transmissible, jusqu’à rendre le variant dominant. Cela a été le cas avec le variant Delta découvert initialement en Inde, et qui selon l’OMS a réduit à 40% l’efficacité des vaccins anti-covid contre la transmission de la maladie.

De quelles mutations parlons-nous?

Elles doivent encore être déterminées. Le virologue à l’Imperial College de Londres, Tom Peacock, a déjà pu détecter la présence de la mutation K417N – présente dans les variants Bêta et Gamma – qui serait plus résistante aux vaccins, la mutation N501Y – présente dans les variants Alpha, Bêta et Gamma – qui selon les Centres nationaux de référence (CNR) pour la lutte contre les maladies transmissibles et Santé publique France «augmente l’affinité du virus pour son récepteur cellulaire», mais aussi la mutation P681H, qui intensifie l’infectiosité du virus.

Les vaccins sont-ils efficaces contre ce nouveau variant?

A ce stade, les scientifiques sud-africains ne sont pas certains de l’efficacité des vaccins existants contre la nouvelle forme du virus. «Ce qui nous préoccupe, c’est que ce variant pourrait non seulement avoir une capacité de transmission accrue, mais aussi être capable de contourner certaines parties de notre système immunitaire», alerte le professeur Richard Lessells. La responsable technique de l’OMS pour le Covid-19, Maria Van Kerkhove, a déclaré lors d’un point de presse en ligne qu’il «faudra quelques semaines pour comprendre l’impact de ce variant sur tout vaccin potentiel.»

Combien de personnes ont contracté cette nouvelle forme du virus?

Selon l’Institut national des maladies transmissibles (NICD), 22 cas ont été signalés à ce jour en Afrique du Sud. Les jeunes sont principalement touchés. Le NICD observe déjà que «le nombre de cas détectés et le pourcentage de tests positifs augmentent rapidement», notamment dans la province la plus peuplée du Gauteng, qui comprend Pretoria et Johannesburg. Selon les scientifiques, jusqu’à 90% des nouveaux cas repérés dans cette région seraient dus au variant B.1.1.529. Des cas ont également été signalés au Botswana voisin et à Hong Kong, sur une personne de retour d’un voyage en Afrique du Sud.

Comment évolue la pandémie en Afrique du Sud?

L’Afrique du Sud connaît une nouvelle hausse des contaminations ces dernières semaines. 35% des adultes éligibles sont totalement vaccinés. Le pays recense 2,9 millions de cas depuis le début de la pandémie, dont 89 600 décès. Ces dernières 24 heures, plus de 1200 nouveaux cas ont été enregistrés, contre une centaine au début du mois de novembre. Pour le ministre de la Santé, Joe Phaahla, le variant B.1.1.529 constitue donc «une menace majeure». Il ajoute que cet «ennemi invisible auquel nous avons affaire est très imprévisible.» Les structures de santé doivent s’attendre à une nouvelle vague de malades dans les prochains jours ou prochaines semaines, mettent en garde les scientifiques.

Les voyages sont-ils encore autorisés?

Le Royaume-Uni a annoncé jeudi soir qu’il allait interdire, dès ce midi, l’entrée sur son territoire aux voyageurs en provenance de six pays d’Afrique: l’Afrique du Sud, la Namibie, le Lesotho, l’Eswatini, le Zimbabwe et le Botswana. Israël va faire de même, en ajoutant le Mozambique sur la liste, et va également interdire à ses citoyens de se rendre en Afrique australe. L’Allemagne va elle aussi refuser, dès ce soir, l’entrée sur son territoire aux voyageurs étrangers en provenance d’Afrique du Sud et «probablement des pays voisins», indique le ministre sortant de la Santé, Jens Spahn. Seuls ses citoyens seront autorisés à rentrer, en respectant une quarantaine de 14 jours même s’ils sont vaccinés. Singapour va également refuser à partir de dimanche l’entrée aux voyageurs venant d’Afrique australe, sauf si ceux-ci sont citoyens ou résidents permanents. La Commission européenne devrait elle aussi «activer le frein d’urgence pour interrompre les voyages aériens en provenance de la région d’Afrique australe en raison du variant B.1.1.529», a tweeté sa présidente, Ursula von der Leyen.

Devons-nous nous inquiéter?

Le nouveau variant est encore méconnu par la communauté scientifique et le nombre de cas positif est encore marginal. Emma Hodcroft, qui étudie et traque les virus grâce à la programmation et la phylogénétique, co-développeuse de la plateforme Nextstrain et épidémiologiste moléculaire de l’Université de Berne, considère qu’il est trop tôt pour s’alarmer. «Oui, ce variant a un nombre élevé de mutations [qui] sont connues pour provoquer des changements, écrit-elle sur Twitter. Mais, nous avons vu précédemment des variants qui semblaient inquiétants et [dont le nombre de cas positifs n’a] jamais décollé. Nous devrions regarder, et attendre, plus de données pour estimer à quel point cela est préoccupant».

Lire son portrait:  Emma Hodcroft, sur les traces du virus

Notre dossier:  Le covid en Suisse et dans le monde


*Article modifié à 9h36 le 26 novembre pour ajouter les informations relatives aux voyages en Afrique australe