Forum des 100

Comment la santé personnalisée va façonner l’humain de demain

Administrer un traitement entièrement individualisé à un patient, et prédire ses possibles maux: telles sont les deux promesses des nouveaux outils. Le point sur ces énormes défis en 10 questions

Lorsqu’un patient est malade, lui administrer un traitement entièrement individualisé. Et lorsqu’il est en santé, lui indiquer de quelles affections il pourrait souffrir à l’avenir, puis mettre en place avec lui des stratégies de prévention (adapter son style de vie). Avec ces deux promesses, les systèmes de santé font face à une révolution vue comme inéluctable. Est-ce là le «triomphe de la médecine» annoncé par le Dr Knock de Jules Romains pour qui «tout bien portant est un malade qui s’ignore»? A l’aube de ce bouleversement de société, éléments de réponse en dix points.

Un avis critique: «La médecine personnalisée? De grands risques derrière un beau slogan»

1. Médecine ou santé personnalisée, ou de précision: de quoi parle-t-on?

Parler de «médecine personnalisée», c’est «insister sur la pratique de la médecine: choisir le bon traitement pour le bon patient au bon moment», résume Denis Hochstrasser, professeur à l’Université de Genève (Unige). Où alors se cache la révolution? De tout temps, les docteurs n’ont-ils pas conçu leur travail comme l’adaptation des soins au malade? Les récentes percées dans les technologies des sciences de la vie permettent d’affiner le diagnostic et d’individualiser le traitement. C’est pourquoi d’aucuns préfèrent le terme de «médecine de précision».

Le suivi du Forum des 100, le 11 mai 2017.

«Mais c’est là exclure d’autres aspects – comportementaux, sociaux, environnementaux – qui comptent aussi dans la santé d’une personne», dit Dominique Sprumont. Le professeur de droit de la santé à l’Université de Neuchâtel plaide pour parler plutôt de «santé personnalisée», afin d’embrasser cette révolution médicale sous l’angle plus holistique de la santé publique. De quoi inclure les volets prédictifs, «soit les possibilités pour chacun de garder une bonne santé le plus longtemps possible, à l’aide des outils biomédicaux les plus modernes», explique Denis Hochstrasser. Ces moyens sont largement liés à la fabuleuse capacité qu’a l’homme, depuis peu, d’explorer son patrimoine le plus intime, son génome, son ADN – d’où aussi la formule plus spécifique de «médecine génomique».

2. Quelles sont les données de base, comment les obtenir, et quelle est leur valeur?

Publié en 2003, le premier séquençage d’un génome humain (formé de 20 à 25 000 gènes) a pris dix ans, pour un coût de 3 milliards de dollars. Aujourd’hui, quelques heures et un millier de francs suffisent, grâce aux techniques de «séquençage de prochaine génération» à haut débit. Et les prix baissent encore. Les généticiens ont alors tenté de trouver des liens entre mutation de gènes et pathologies. Actuellement, les analyses génomiques sont surtout utilisées pour identifier des maladies dites monogénétiques, liées à un seul gène, comme la mucoviscidose ou certains cancers du sein corrélés à des altérations des gènes BRCA1 ou BRCA2; c’est après avoir su qu’elle en était porteuse que l’actrice Angelina Jolie a décidé de subir une ablation de ses deux seins. Les affections dues à des variations sur plusieurs gènes – la plupart des maladies – sont plus complexes à dépister avec la seule génétique, tant le mode de vie joue aussi un rôle dans leur apparition.

Notre dossier: Santé personnalisée: espoirs et enjeux

C’est pourtant sur la détection de ces variations, ou polymorphismes, que reposent moult tests génétiques rapides, dont ceux de la société californienne 23andMe. Bien qu’encore bannis de la vente libre en Suisse, ils peuvent être acquis sur Internet. Ils prédisent le risque personnel de développer un jour certaines affections, dont alzheimer, parkinson ou l’intolérance au gluten. D’abord interdits en 2013, sous prétexte d’un manque de fiabilité, ces tests ont été de nouveau autorisés le 6 avril 2017 par la Food and Drug Administration (FDA).

Cette décision fait débat parmi les généticiens. D’un côté, certains dénoncent la méthode exagérément simpliste de ce genre de tests probabilistes, dont les patients lambda demeurent incapables de bien interpréter les résultats. De l’autre, des scientifiques défendent la liberté qu’a chacun de connaître son propre génome. Mais peu rechignent à accepter que la tendance s’accélère: «Il est probable que dans quelques années, la séquence génétique fera partie du dossier médical de chacun», estimait déjà en 2014 Stylianos Antonarakis, directeur de la Clinique du génome aux HUG.

«Pas suffisant, tempère Denis Duboule, généticien à l’EPFL et à l’Unige. Il faut aussi comprendre comment le génome est transcrit (la «transcriptomique»), en quelles protéines (la «protéomique»), ou encore quels sont les mécanismes qui modulent son expression (l’«épigénomique»). Ce n’est que lorsque l’on aura des données dans tous ces champs en -omique que l’on pourra avoir une approche globale et efficace de la médecine prédictive.»

En attendant, les scientifiques collectent autant d’informations qu’ils le peuvent sur les patients. C’est le «quantified self»: une myriade d’appareils permettent d’enregistrer en continu le poids, le pouls, la tension artérielle, l’activité physique ou des paramètres environnementaux. Le 20 avril, Verily, filiale d’Alphabet (la holding de Google), a présenté son Projet Baseline: 10 000 personnes porteront au quotidien pendant des années un bracelet connecté et d’autres capteurs, pour détecter les signes avant-coureurs de maladies. Et une semaine plus tôt, c’est Apple qui dévoilait sa technique destinée à faciliter le suivi du diabète via des senseurs.

3. Comment faire parler ces montagnes de données de santé?

Aucun médecin ne sera apte à s’approprier et à exploiter seul ces gigantesques quantités de données médicales. Les robots et leurs algorithmes, eux, le pourront, tel Watson, l’ordinateur-médecin d’IBM. Ceux-ci deviendront les interfaces de la médecine du futur. C’est ce qu’ont compris les géants du Big Data que sont Google, Apple ou Facebook, qui disposent d’infrastructures assez lourdes et des compétences sophistiquées en intelligence artificielle pour extraire du sens de ces données. Autre ponte de la génétique, et homme d’affaire aguerri, Craig Venter a lancé en 2014 Human Longevity. Cette société veut percer les secrets de la longévité en séquençant les génomes de dizaines de milliers de gens et en les étudiant de manière croisée grâce à des algorithmes surpuissants.

Ainsi, «si nous voulons interpréter les grandes quantités de données générées par la médecine de précision, nous devons nous appuyer sur des machines», explique au Temps le pionnier américain de la génomique Michael Snyder. Par exemple, «les ordinateurs sont meilleurs que les humains pour reconnaître des tumeurs: si vous demandez à deux spécialistes de distinguer des cellules tumorales dans une image de tissu pulmonaire, ils ne tomberont d’accord sur le diagnostic que dans 60% des cas. Ce qui ne signifie pas que les généralistes vont disparaître. Simplement, nous sommes à un tournant, leur rôle va évoluer. Ils ne vont plus dicter la santé, mais la coordonner.»

4. Quelles thérapies et quels diagnostics préventifs à l’horizon?

L’avantage immédiat du séquençage génétique à haut débit est de déterminer précisément le médicament auquel le malade (en puissance) sera sensible en fonction de son code génétique. «Il existe 200 médicaments pour lesquels une frange de la population ne réagit pas, ou mal, dit Didier Trono, virologue à l’EPFL. En connaissant le profil génétique du patient, on pourra mieux établir les doses. Par exemple avec les anticoagulants. Autre exemple: l’hypercholestérolémie familiale, caractérisée par un surplus de sucre dans le sang, un problème héréditaire. Effectuer un screening génétique du patient permettrait d’éviter de lui prescrire en prévention des médicaments (nommés statines) aux effets secondaires non négligeables et qui, dans 29 cas sur 30, sont inefficaces…»

Autre cas de figure: l’Agence européenne des médicaments recommande depuis 2008 un test génétique avant la prise d’un antirétroviral (l’Abacavir), car certaines personnes séropositives étant porteuses d’un polymorphisme particulier peuvent mal le tolérer.

Mais c’est surtout en oncologie que la médecine personnalisée est promise à l’avenir le plus radieux: «Le séquençage génétique des tumeurs mêmes va devenir la norme, annonce Didier Trono. De quoi vraiment bien exploiter les molécules médicamenteuses.» Des traitements basés sur ce principe sont déjà utilisés contre le cancer du poumon, du sein et du côlon. Plus spécifiques que les chimiothérapies classiques, ils sont souvent accompagnés de moins d’effets secondaires.

5. Quelles infrastructures sont nécessaires?

La puissance informatique servira ainsi, dans la masse des données glanées sur un vaste lot des patients, à repérer les corrélations entres certains marqueurs et l’apparition de maladies. De quoi, en retour, affiner pour chacun le risque et le diagnostic ou le traitement et les mesures de prévention. Or «pour avancer ainsi, nous avons besoin d’avoir accès aux échantillons (sang, urine, cellules, ADN, etc.) d’un très grand nombre de personnes, à analyser à des fins de recherche. Ceux-ci sont stockés dans des biobanques», dit Vincent Mooser, directeur de la Biobanque institutionnelle de Lausanne (BIL).

Lancée en 2013, celle-ci est déjà forte de 29 000 entrées. La proposition d’un don d’échantillons est faite aux patients entrant au CHUV; le taux d’acception est de 75%. Ailleurs, la biobanque établie entre 2005 et 2010 au Royaume-Uni inclut 500 000 personnes. Et la cohorte voulue par Barack Obama en 2015 pour sa «Precision Medicine Initiative» veut atteindre le million de personnes.

6. A qui appartiendront les données des biobanques?

Outre leur gestion logistique, l’existence même de ces biobanques pose maintes questions. Quel usage sera fait des données collectées? Selon quelles règles? Et à qui appartiennent-elles une fois enregistrées, voire exploitées dans une technologie commercialisable? Le donneur peut-il les retirer à tout moment? En Suisse, oui. Selon la loi relative à la recherche sur l’être humain (LRH) de 2014, il est seul à décider de leur sort. Toutefois, si l’entité qui mène ces analyses est étrangère, le droit suisse ne s’applique pas; la protection des données est alors en principe régie par contrat. C’est ainsi que 23andMe est parfois soupçonnée de collecter l’ADN de milliers de clients pour, au-delà des résultats des tests à la valeur prédictive discutée, établir une vaste base de données qu’elle revendrait à prix d’or à des laboratoires pharmaceutiques.

Et quid, en Suisse, de l’accès à ces données génétiques par des assurances? Voire la police? Dans le premier cas, hors assurances complémentaires, les assureurs ne peuvent pas exiger d’un assuré qu’il se soumette à une analyse génétique établissant, sur la base de symptômes inexistants, ses risques de développer des maladies, indiquait en 2016 au Temps Valérie Junod, professeure à la Faculté de droit de l’Université de Genève. Dans le second cas, la police peut théoriquement demander l’accès aux informations des biobanques en cas de suspicion d’infraction et si de l’ADN a été découvert.

Une chronique: Médecine personnalisée: quelques questions impertinentes

L’approche couramment utilisée consiste bien sûr à anonymiser ces données, ce qui devrait permettre de les exploiter dans de vastes analyses croisées sans qu’il soit possible de remonter à la personne dont elles sont issues. Las. Or aujourd’hui, même cette procédure peut ne pas résister à des comparaisons de fichiers: par exemple avec deux bases de données contenant l’ADN d’une même personne, dont l’une n’aurait cependant pas caché l’identité. Reste le cryptage, mais cela complique grandement la recherche médicale faite sur la base de ces données.

Face à ce dilemme, des scientifiques, dont Marcel Salathé à l’EPFL, promeuvent d’autres modèles de biobanques coopératives, comme MIDATA.coop, lancée en 2015 à l’EPFZ. «L’idée est que chacun puisse «par défaut» gérer ses propres données. Et, à son bon souhait, décider de les mettre à disposition d’acteurs sûrs à des fins de recherches. En Suisse, nous sommes très bien placés pour concrétiser cette vision, grâce à notre tradition de neutralité, de démocratie et de confiance en nos institutions.» MIDATA mène déjà des projets pilotes dans des hôpitaux suisses.

7. Est-on prêt à cette révolution sur le plan juridique?

Pour nombre d’experts, l’un des enjeux majeurs pour impliquer davantage les patients est leur consentement à livrer leurs données aux biobanques. Récemment, l’Académie suisse des sciences médicales (ASSM) et Swissethics ont été chargées de mettre au point un formulaire de consentement unique pour tous les hôpitaux suisses. De quoi permettre aux biobanques existant dans ces établissements de travailler de concert, avec des données interexploitables.
Fin mars, la consultation sur ce document a débouché sur 65 commentaires. Si tous saluent l’effort entrepris, beaucoup sont aussi critiques sur plusieurs points. Notamment le «retour d’informations»: lorsque des résultats issus de recherches en génétique peuvent concerner une personne ayant livré ses échantillons, comment les lui annoncer? Et qui doit le faire? Comment impliquer la famille? La question est encore étudiée de près.

De plus, plusieurs hôpitaux cantonaux, ayant entre-temps développé leur propre formulaire de consentement, se sont désolidarisés de la préparation d’un document à visée nationale. «Vu toutes ces remarques, cette démarche est désormais mal prise», observe Christine Currat, directrice de la Swiss Biobanking Platform, organe appelé à coordonner toutes les biobanques helvétiques, comme cela se fait dans d’autres régions, en Scandinavie par exemple.

S’étant estimées exclues de ces réflexions préparatoires, trois associations de patients soutiennent dès lors une motion de la conseillère nationale vaudoise Rebecca Ruiz demandant, comme dans de nombreux pays en Europe, une «loi de régulation et de gouvernance des biobanques basée sur des standards de sécurité et de qualité»; ces aspects ont effectivement d’abord été sortis de la loi relative à la recherche sur l’être humain. «Une loi serait trop lourde, estime Patrick Francioli, vice-président de Swissethics. Il doit être possible de s’en sortir autrement, avec une ordonnance par exemple.» «Si elle est trop précise, une telle loi risque de devenir vite obsolète, tant le domaine évolue vite», dit Didier Trono, qui estime par contre crucial de bien informer les patients, «et surtout de les écouter»!

Notre dossier: Bienvenue dans l’ère de la médecine personnalisée

8. Quels impacts sur les coûts de la santé et le modèle économique des pharmas?

La médecine personnalisée, parce qu’elle permet d’une part d’intervenir plus tôt avec des diagnostics probabilistes et de la prévention, et de l’autre de ne donner un traitement qu’aux personnes qui en bénéficient vraiment, promet une baisse des coûts de la santé. Vincent Mooser avance même des chiffres pour l’étayer: «Un franc investi dans la prévention équivaut à 40 francs économisés dans les traitements.» «Le problème, c’est le financement des traitements préventifs menés en l’absence de maladies déclarées, que ne prévoit pas la loi sur l’assurance maladie, tempère Brigitte Rorive Feytmans, directrice des finances des HUG. Les prestations couvertes par l’assurance de base sont liées à un diagnostic avéré, pas à un pronostic.»

Par ailleurs, «le fait d’individualiser les traitements en fonction des paramètres propres à chaque patient induit le risque d’une forte hausse du prix des médicaments en raison de la difficulté, pour les entreprises pharmaceutiques, de faire des économies d’échelle en les produisant». Ce d’autant plus qu’en oncologie surtout, les biomarqueurs qui servent de cible à la médecine personnalisée font souvent l’objet de brevets.

De plus, les pharmas peuvent arguer de l’efficacité extrême de ces nouvelles molécules, car bien ciblée, pour augmenter leur prix. Sans compter qu’elles bénéficient parfois de réductions de taxes à développer des produits contre des pathologies considérées comme «maladies orphelines», tant elles touchent peu de gens. Selon plusieurs observateurs, c’est donc pour l’heure toujours bien l’industrie pharma qui tient le couteau par le manche.

«Attention toutefois à ne pas scier la branche sur laquelle elle est assise», avertit Didier Trono, se référant à un récent article de Science, paru le 17 mars 2017: des chercheuses de la Harvard Business School y soulignent qu’«au final, l’incapacité des assureurs et des patients à payer pour des médicaments [trop chers] pourrait réduire l’incitation des pharmas à les produire». Et les économistes de proposer des solutions, tels des instruments de financement inédits permettant d’étaler dans le temps le paiement de produits très onéreux.

L’un dans l’autre, c’est tout le système d’assurance qu’il s’agira au final de repenser. Avant cela, «quelque 80% des dépenses de santé étant aujourd’hui basées sur une décision médicale, il faudra beaucoup de prudence, de sagesse, et de capacités décisionnelles de la part des médecins pour éviter que la médecine de précision n’aggrave la tendance inflationniste des coûts de la santé», avise Brigitte Rorive Feytmans.

9. Quelles questions éthiques se posent?

Sous l’angle éthique, la santé personnalisée pose une ramification de questions. D’abord, «envisageons-nous l’humain de manière mécaniste, porteur de multiples défectuosités potentielles qu’il s’agit d’identifier, d’anticiper et de réparer en continu? se demande Anne Sandoz Dutoit, théologienne indépendante, dans une lettre au Temps. Ou le concevons-nous comme un tout biologique, psychique, social, spirituel, en devenir permanent, avec ses imprévisibilités et ses ressources vitales propres? Selon la réponse donnée, davantage de fonds seront alloués tantôt à la médecine personnalisée, prédictive, qui engloutit des moyens colossaux tout en se limitant à des domaines spécifiques, tantôt en amont pour travailler sur ce qui favorise un état de santé global des individus et de la société.»

Plus concrètement, se pose par exemple la question de savoir s’il s’agira toujours de respecter le droit de quelqu’un à ne pas vouloir connaître les possibles avancées thérapeutiques liées à ses dons d’échantillons. Ne peut-on pas imaginer qu’imposer de prévenir une maladie sur la base d’informations génétiques coûterait moins cher que de devoir la soigner ensuite? Effy Vayena, du Health Ethics and Policy Lab de l’Université de Zurich, répond: «C’est un gros débat qui s’ouvre. Prenons l’exemple de la détection génétique du cancer du sein. Une femme qui se découvre à très haut risque, comme Angelina Jolie, peut décider une double mastectomie préventive. Et cette intervention coûtera moins cher que, ultérieurement, un long traitement oncologique une fois la tumeur repérée.

Cet argument, recevable, n’est toutefois d’abord valable que si l’on possède des interventions médicales pour contrer des prédictions génétiques défavorables. Ensuite, peut-on forcer toutes les femmes à faire ce test génétique, puis contraindre celles qui sont à risque à subir une ablation des seins? On ne peut baser cette réflexion uniquement sur la question des coûts de santé publique. Il faut tenir compte de maints autres facteurs, moraux par exemple, ou du coût psychologique chez les personnes concernées.»

De son côté, Samia Hurst, bioéthicienne à l’Université de Genève, insiste sur l’indispensable confidentialité des données à garantir, et la confiance à développer, dans un cadre régulateur précis et applicable, pour que les patients participent à cette révolution. Surtout, elle met l’accent sur une autre valeur à prendre en compte: la solidarité. «Notre société se raconte une histoire selon laquelle le bonheur, la fortune, voire la santé, sont des choses qui se méritent. Or plus l’on connaît les causes d’une maladie, plus on peut avoir l’impression qu’elles sont sous le contrôle des individus, ce qui n'est largement pas toujours le cas même avec les percées en génomique. Cela rend le discours du mérite toxique, puisque l’on risque de vouloir blâmer les malades – alors que dans la plupart des cas ils ne pouvaient pas éviter de l’être – plutôt que de leur porter secours. Comme à chaque génération de la médecine, il faudra, avec la santé personnalisée, de nouveau reformuler ce message important: les malades sont malades, mais pas coupables.»

10. Comment s’organise le domaine de la médecine personnalisée en Suisse?

Au niveau Suisse, une initiative, intitulée Swiss Personalized Health Network (SPHN), a été lancée par l’Académie suisse des sciences médicales (ASSM) et l’Institut suisse de bioinformatique ISB. Elle veut regrouper compétences, méthodes et infrastructures, garantir l’interopérabilité́ des biobanques au niveau national, et veiller au respect des conditions-cadres éthiques et juridiques. En Suisse romande, le CHUV, les Hôpitaux universitaires de Genève, l’EPFL et les universités de Genève et de Lausanne se sont regroupés sous l’appellation Lac Leman Center for Personalized Health. Un groupe qu’a rejoint Berne (université, Inselspital). A Zurich, un centre de compétences pour la médecine personnalisée (Ecole polytechnique fédérale, université et hôpital universitaire) est né, auquel s’est associée la nouvelle Personalized Health Platform Basel (université, hôpital universitaire).

Dans la phase de démarrage 2017-2020, le SPHN a été doté de 68 millions de francs par la Confédération. Il peut s’appuyer sur la création d’un Data Coordination Center dirigé par l’ISB, gérant toutes les technologies en -omique et des données cliniques personnelles. Son défi: définir des standards techniques et qualitatifs communs, harmoniser l’archivage, la sécurité, la gestion et les standards de qualité des données dans l’ensemble du réseau. A noter enfin que pour le traitement des données massives, biomédicales notamment, les deux Ecoles polytechniques fédérales viennent d’ouvrir, en février 2017, le Swiss Data Science Center, doté de 30 millions de francs sur quatre ans.

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Santé personnalisée: espoirs et enjeux

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