Les virus anti-bactériens font leur retour

Une destination de la dernière chance pour vaincre la maladie. Voilà comment, après plusieurs années d’errance médicale, Beat Koller voyait la ville de Tbilissi en Géorgie. Infecté par la bactérie Pseudomonas aeruginosa, ce Zougois de 65 ans souffrait d’une rhinosinusite chronique avec des complications depuis dix ans. «Cela s’est aggravé au fil du temps. C’était devenu très douloureux, je ne pouvais plus manger, parler ou marcher tout seul».

Après avoir essayé en vain tous les types de traitement, Beat tente l’aventure géorgienne en mars 2016 pour y être soigné par phagothérapie. «Le médecin m’a injecté un liquide dans le nez. La sensation était bizarre mais immédiatement après, en rentrant à l’hôtel, je me suis senti mieux. 80 à 90% des douleurs avaient disparu.» Après dix jours sur place, il poursuit son traitement à domicile pendant trois mois, afin d’être sûr d’éliminer la bactérie. Depuis, la sinusite n’est plus qu’un mauvais souvenir et le sexagénaire défend ce traitement avec ferveur.

La phagothérapie est une technique qui s’attaque aux bactéries avec des bactériophages, une famille de virus qui constituent leurs prédateurs naturels. Découverte au début du XXe siècle, la technique a été progressivement abandonnée en Europe de l’Ouest avec l’avènement des antibiotiques. Isolés derrière le rideau de fer, les pays de l’Est n’ont pas bénéficié des mêmes avancées médicales et ont dû composer avec les techniques à leur disposition. Raison pour laquelle la phagothérapie n’a jamais cessé d’y être pratiquée. C’est ainsi qu’en Géorgie, l’Institut Eliava de Tbilissi, spécialisé dans la phagothérapie, a poursuivi ses recherches et sa collection de phages tout au long du XXe siècle. 

Résistance aux antibiotiques

Alors que la lutte contre les bactéries résistantes aux antibiotiques est désormais une priorité de santé publique, la phagothérapie intéresse de nouveau le corps médical occidental. Un large essai clinique nommé PhagoBurn vient de se conclure en Europe. Lancé par le Service français de santé des armées en collaboration avec le CHUV, à Lausanne, et l’Académie militaire royale de Belgique. Son objectif était d’examiner l’effet de divers phages sur les plaies infectées de patients atteints de brûlures sévères. Effectué auprès de quelque 30 patients, il devait déterminer l’innocuité du traitement ainsi que son efficacité. Les résultats préliminaires seront connus en avril.

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«Cela fait bouger les lignes, commente le Docteur Alain Dublanchet, microbiologiste spécialiste de la phagothérapie et membre du conseil scientifique de Pherecydes Pharma, la start-up développant les produits PhagoBurn. Du côté de l’Agence française de sécurité du médicament, la situation de la phagothérapie est en train de se débloquer. Ils sont prêts à envisager de délivrer des autorisations temporaires d’utilisation.» Une solution qui n’est pas envisageable en Suisse, Swissmedic ne délivrant pas d’autorisations temporaires. Pourtant, cette thérapie a été pratiquée ici jusque dans les années 1960. Une petite entreprise pharmaceutique de Vevey a ainsi commercialisé pendant des années des solutions de phages. 

Banque de phages

De son côté, une équipe de l’Université de Lausanne, menée par Grégory Resch, s’attelle actuellement à mettre sur pied une banque de phages thérapeutiques dirigés contre les espèces bactériennes les plus problématiques pour l’homme. «Ils pourraient permettre, à plus long terme, «d’économiser» des antibiotiques et ainsi contribuer à combattre l’émergence de nouvelles résistances, relève ce dernier. Cela représente une arme de plus dans la lutte contre les infections bactériennes.»

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En parallèle, l’équipe de Grégory Resch  cherche également, dans le cadre du projet Inphinity, en collaboration avec Yok-Ai Que, médecin adjoint au Service de médecine intensive de l’Inselspital de Berne, à mettre en place des modèles numériques capables de prédire si et comment le phage va s’attaquer à une bactérie donnée. Cette forme d’intelligence artificielle sera également en mesure de proposer plusieurs interactions possibles pouvant être testées in vitro et in vivo. «Notre objectif est de faire une présélection des bactériophages les plus à même d’interagir avec une bactérie, afin que les biologistes puissent tester les phages les plus prometteurs», explique Carlos Peña, membre du projet et chercheur de la Haute Ecole d’ingénierie et de gestion du canton de Vaud.

Le but de ce modèle informatique prédictif est également de parvenir à raccourcir les délais nécessaires à la mise en place de phagothérapie personnalisée et permettre de traiter en premier lieu, et au cas par cas, des patients en échec thérapeutique pour lesquels les antibiotiques n’agissent plus. Dans ce sens, les phages étudiés dans le cadre de l’étude PhagoBurn devraient être utilisés prochainement dans des essais cliniques de médecine personnalisée.