Le SARS-CoV-2 est-il devenu plus infectieux que lors de son émergence en Chine à la fin de 2019? Cette hypothèse, présentée dans une étude parue début juillet dans la revue Cell par une équipe du Los Alamos National Laboratory au Nouveau-Mexique, a beaucoup fait parler d’elle ces dernières semaines. Elle repose aussi sur une petite modification observée à la position 23 403 du génome du virus: la mutation D614G.

Si cette dernière a autant attiré l’attention, c’est qu’elle concerne spike, une protéine de l’enveloppe virale connue pour son rôle clé dans l’infection en permettant au virus de se fixer à la surface des cellules et d’y pénétrer. Mais ce n’est pas tout: «Le variant du SARS-CoV-2, portant le changement d’acide aminé de la protéine spike D614G, est devenu la forme la plus répandue dans la pandémie mondiale, écrit Bette Korber, biologiste moléculaire et principale auteure de l’étude. Ce changement s’est produit même dans les épidémies locales où la forme originale D614 était bien établie avant l’introduction de la variante G614.»

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Selon les chercheurs, cette diffusion rapide tiendrait au fait que la mutation D614G conférerait au virus une plus grande transmissibilité. Afin d’arriver à cette conclusion, l’équipe de Bette Korber a analysé les données de 999 patients britanniques hospitalisés en raison du Covid-19, remarquant que ceux porteurs de la mutation D614G présentaient une charge virale plus élevée, sans qu’une corrélation ne soit toutefois établie avec une plus grande sévérité de la maladie.

Ces observations ont par la suite été étayées par des expériences in vitro montrant que des particules virales ressemblant au SARS-CoV-2 et porteuses de cette mutation semblaient davantage capables d’entrer dans les cellules cibles. Pourquoi? Selon les scientifiques, la mutation D614G contribuerait à une meilleure stabilité des protéines spike à la surface du virus, ce qui faciliterait non seulement leur regroupement mais surtout leur capacité à se lier au récepteur ACE2, ce dernier ayant été identifié comme étant la porte d’entrée du virus dans la cellule hôte.

Possible biais

«Il est vrai que la mutation D614G a vu sa fréquence considérablement augmenter, tout comme, d’ailleurs, deux autres mutations ayant suivi exactement le même cheminement mais dont personne ne parle, analyse François Balloux, directeur de l’Institut de génétique de l’University College de Londres. Si D614G a suscité autant de discussions, c’est parce qu’il s’agit d’une protéine à l’interface entre le virus et son hôte. Il faut néanmoins signaler que les différences de charge virale observées entre les patients présentant cette mutation et les autres sont très faibles. Par ailleurs, les mesures ont été prises sur des périodes et selon des méthodes différentes, et il n’y a pas eu de contrôles d’un point de vue statistique. Les évidences ne sont donc pas très solides et peinent à convaincre dans la communauté scientifique.»

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Et qu’en est-il de l’expérience en laboratoire, qui a dénombré 2 à 9 fois plus de particules virales dans les cultures cellulaires après infection par des pseudo-particules porteuses de la mutation D614G? «C’est la partie la plus intéressante de ce travail, mais on ne peut pas généraliser les résultats obtenus in vitro dans des conditions très artificielles à une infection réelle, tempère François Balloux. Il y a des centaines de groupes dans le monde qui ont fait des expériences très similaires, et les seuls ayant déposé leurs études en prépublication sont ceux ayant constaté des différences. Cela pourrait conduire à des biais que l’on ne peut pas exclure.»

Processus normal

D614G n’est par ailleurs pas la seule mutation à avoir fait l’objet d’études. Avant cela, une autre recherche, parue en prépublication en mars sur le site Biorxiv, pointait en effet une autre modification cette fois sur le gène ORF8 du virus SARS-CoV-2 détectée chez huit patients hospitalisés à Singapour. Déjà observée en 2003 lors de la première épidémie de SRAS, cette mutation aurait, à l’époque, possiblement conduit à une moins bonne réplication du virus et donc à un ralentissement de l’épidémie.

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Que faut-il dès lors penser de ces modifications génétiques touchant le SARS-CoV-2, faut-il s’en inquiéter? «Les mutations sont un processus tout à fait normal lorsque les virus se répliquent, à l’image d’une faute de frappe qui pourrait survenir dans un texte, explique Emma Hodcroft, postdoctorante au biocentre de l’Université de Bâle et codéveloppeuse de Nextstrain, une plateforme de données qui suit l’évolution des virus en temps réel. Ces petites variations génétiques sont utiles pour nous, chercheurs, car elles nous permettent de voir comment le virus se répand à l’échelle planétaire, mais elles ne changent pas fondamentalement la manière dont celui-ci se comporte.»

Lente mutation

Il faut aussi savoir que le virus SARS-CoV-2, comme la totalité des coronavirus, mute lentement, à hauteur d’environ deux mutations par mois, sur un génome composé de près 30 000 nucléotides. A titre de comparaison, alors que le SARS-CoV-2 présentera une mutation tous les 1000 nucléotides chaque année, le virus de la grippe en aura, quant à lui, en moyenne deux et le VIH – dont la vitesse de mutation est extrêmement rapide – en moyenne quatre.

«C’est la raison pour laquelle un coronavirus qui a muté aura toujours plus de similitudes que de différences comparé à une variante précédente, complète Emma Hodcroft. Tout comme l’arrivée d’un nouveau bébé ne signifie pas l’apparition d’une nouvelle souche d’êtres humains. Cette évolution lente a également un autre avantage: rendre la conception d’un vaccin plus aisée.»