Fraude

Star de la biologie dans la tourmente

Plus d’une trentaine d’articles cosignés par le Français Olivier Voinnet, pionnier de l’interférence à ARN, sont suspectés de contenir des données manipulées

Une star de la biologie dans la tourmente

Fraude Olivier Voinnet, professeur à l’EPFZ, est suspecté d’avoir publié des données manipulées

Plus d’une trentaine d’articles seraient concernés

Fraude scientifique majeure ou série malencontreuse de négligences bénignes? La question est en suspens, avec la mise en cause de près de quarante articles cosignés depuis plus de quinze ans par un jeune biologiste français, Olivier Voinnet, vedette internationale dans son domaine. Les soupçons portent sur des manipulations d’illustrations. L’affaire est suffisamment sérieuse pour que des enquêtes internes aient été diligentées au CNRS et à l’Ecole polytechnique fédérale de Zurich (EPFZ), où Olivier Voinnet, en détachement du CNRS, a été nommé professeur et dirige depuis 2010 un groupe d’environ 30 collaborateurs.

Les revues scientifiques étudiant les cas signalés refusent de commenter, tout comme les principaux protagonistes, Olivier Voinnet compris. Selon Catherine Jessus, directrice de l’Institut des sciences biologiques au CNRS, la conclusion de l’enquête n’interviendrait pas avant plusieurs semaines.

Les premiers doutes sur l’intégrité des travaux du Français et de cosignataires ont été soulevés par le site PubPeer qui s’est spécialisé dans le «contrôle qualité» de la production scientifique, via des commentaires anonymes. Sur ce site, entre les 4 et 14 septembre, des anomalies dans les illustrations sont pointées dans onze articles coécrits par le Français. Dans la foulée, de nombreux chercheurs et la direction du CNRS reçoivent des courriels anonymes, les invitant à consulter PubPeer.

Le 9 janvier, le site Retraction Watch, spécialisé dans la fraude scientifique, fait état des premiers articles critiqués. Dès le lendemain, ce sont 37 articles qui sont dans le collimateur de PubPeer. Le 24 mars, un article publié dans la revue en ligne Lab Times donne plus d’écho à des questionnements jusqu’alors cantonnés aux spécialistes de l’interférence à ARN, le domaine d’étude d’Olivier Voinnet.

L’ampleur du corpus scientifique suspecté est sans précédent pour un auteur français. Les articles les plus anciens remontent à 1998, quand Olivier Voinnet préparait sa thèse dans le Sainsbury Laboratory de David Baulcombe, à Norwich, en Angleterre. Les plus récents datent de 2013. Ils ont été publiés dans les revues les plus prestigieuses, telles que Science ou encore PNAS.

Il est reproché à Olivier Voinnet et à ses cosignataires d’avoir modifié des images de bandes de protéines dans des gels d’électrophorèse, une technique pour repérer des molécules selon leur taille et leur charge. Certaines bandes ont été dupliquées dans des schémas différents, ou inversées. A l’instar de figures «contrôle» indiquant les bandes de protéines de référence. Des commentateurs pointent aussi des «découpages» et repositionnements intrigants de parties de ces gels. Certaines de ces duplications étaient volontaires et justifiées, selon Edith Heard, de l’Institut Curie à Paris, qui a cosigné trois des articles mis en cause. Dans un commentaire adressé à PubPeer, elle indique qu’une de ses collaboratrices avait dupliqué une figure, et non l’équipe d’Olivier Voinnet.

David Baulcombe, autre cosignataire et directeur de thèse d’Olivier Voinnet, professeur à l’Université de Cambridge, s’est excusé sur PubPeer pour un «manque de clarté» dans les légendes d’un article. Il a indiqué au Monde avoir «contacté les éditeurs des journaux concernés». «Je veux que la communauté sache que je prends ces problèmes au sérieux, affirme-t-il. Je suis choqué et déçu de la présence de tels problèmes dans des articles de mon laboratoire.»

Pour ajouter à la suspicion, des commentaires sur Retraction Watch ont souligné de possibles conflits d’intérêts. Comme pour David Baulcombe qui a pris la responsabilité de publier dans PNAS un article de son ancien élève – parmi ceux signalés dans PubPeer.

«Ce qui surprend, c’est la répétition des mêmes modifications: comme la réutilisation d’images servant de contrôle à une expérience, ou des traitements d’image corrigeant certaines imperfections, ce qu’on appelle le bruit de fond, témoigne un chercheur, qui s’est plongé dans PubPeer. Une manipulation d’images, c’est un signal d’alarme lorsque nous avons à étudier un article avant publication. Cela brise le pacte de confiance.» Un autre indique que «certaines anomalies ne correspondent évidemment pas à la pratique des laboratoires, mais cela ne signifie pas, ici, une volonté de tricher dans l’expérience».

Les enjeux de l’investigation en cours sont multiples: ces duplications sont-elles mal intentionnées ou le résultat d’inattentions d’un esprit créatif mais brouillon – comme en témoigne la paillasse notoirement désordonnée d’Olivier Voinnet, décrite dans un portrait dans Science ? Les anomalies remettraient-elles en question l’interprétation des résultats? Certains articles seront-ils «corrigés» (ce qui a déjà été le cas par le passé sur des articles cosignés par Olivier Voinnet) quand d’autres seront retirés du corpus de connaissances?

«Laissons Olivier Voinnet s’expliquer, indique Detlef Weigel, spécialiste du même domaine à l’Institut Max-Planck de la biologie du développement, à Tübingen (Allemagne). Un grand nombre des découvertes de ce chercheur font maintenant partie des livres de biologie et ont été répliquées par plusieurs équipes. Je n’ai pas entendu, au moins en biologie des plantes, de doutes à ce sujet.» D’autres spécialistes soulignent que les mécanismes repérés dans les plantes l’ont été aussi dans d’autres organismes, ce qui renforce la solidité des découvertes.

En attendant, l’épisode rappelle que la science est un univers parfois sans pitié. «C’est chaud»; «La situation est désagréable»; «Beaucoup de personnes sont très affectées», témoignent des chercheurs sous couvert d’anonymat. «C’est un monde très compétitif, dans lequel on ne se fait pas de cadeau», selon une biologiste. «Je croise des gens qui ont l’air contents de ce qui lui arrive», souffle un généticien.

Le rôle de PubPeer – dont les méthodes sont qualifiées de «détestables» par certains observateurs – dans la révélation de pratiques frauduleuses, témoigne du fait que le fair-play n’est pas toujours suffisant pour réguler la science. Ces «bonnes pratiques» voudraient que des chercheurs ayant repéré un problème contactent la revue qui doit vérifier l’argumentation et demander des explications aux auteurs. Ainsi, en novembre 2014, Olivier Voinnet cosignait dans Cell Reports un texte critiquant l’interprétation des travaux d’une équipe américaine, qui elle-même ne partageait pas les conclusions du Français publiées un an plus tôt.

Olivier Voinnet, avec qui nous n’avons pas été autorisés à nous entretenir pendant l’enquête, est une star dans son domaine, l’interférence à ARN. Ce mécanisme de défense immunitaire présent chez les végétaux a des applications en biologie et en médecine pour inactiver des processus moléculaires.

Le parcours de ce professeur de 43 ans a été aussi fulgurant qu’atypique: après avoir échoué en classe préparatoire, il s’épanouit à l’Université Pierre-et-Marie-Curie à Paris, tout en préparant un diplôme d’ingénieur agronome. En 1996, il émigre en Angleterre dans le laboratoire de David Baulcombe, où a lieu la révolution du «gene silencing».

Il se pose les bonnes questions et y répond en imaginant des dispositifs expérimentaux, ce qui impressionne son mentor. Avant d’avoir soutenu sa thèse, il publie 13 articles dans des revues de haut rang. Le jeune docteur est embauché à l’Institut de biologie moléculaire des plantes de Strasbourg, et nommé directeur de recherche du CNRS en 2005. En 2010, il rejoint l’EPFZ, et dirige une équipe de près de 30 chercheurs et étudiants. Cette ascension s’accompagne d’un grand nombre de publications dans des revues influentes.

Ses résultats, concrétisés dans un portefeuille d’une dizaine de brevets, sont soutenus par plusieurs bourses, dont celles, très recherchées, de l’European Research Council. Mais aussi des prix prestigieux, comme le Rössler Prize de l’EPFZ (200 000 francs), en 2009. La même année, l’Organisation européenne de biologie moléculaire (EMBO) lui remet sa médaille d’or. «Beaucoup d’entre nous ont été surpris que les travaux qu’il a accomplis ne lui aient pas valu une part du Prix Nobel», octroyé en 2006 à Andrew Fire et Craig Mello pour les découvertes sur le «gene silencing», déclare dans Science Timothy Hunt, président du conseil de l’EMBO. Olivier Voinnet a été élu à l’Académie des sciences française en novembre 2014 .

«Un grand nombre des découvertes de ce chercheur font maintenant partie des livres de biologie»

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