Enfin, la Suisse devient sérieuse dans la surveillance des variants. L’Office fédéral de la santé publique (OFSP) a entériné vendredi 28 mai la mise en place d’un programme national de surveillance génomique du SARS-CoV-2, en collaboration avec le Centre pour les virus émergents aux Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) et le laboratoire de référence (CRIVE), les Ecoles polytechniques fédérales, les laboratoires universitaires et privés, la plate-forme NextStrain et la Task Force scientifique Covid-19. 

Avec la réouverture progressive des lieux publics dans le pays, le coronavirus va de fait davantage circuler, surtout dans les mois qui viennent, alors que la population ne sera pas encore totalement vaccinée. L'objectif d'une telle surveillance est donc de suivre l'évolution des différents variants et d'évaluer le risque d'apparition de lignées virales échappant à l'immunité naturelle ou vaccinale. 

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«Nous avons besoin d’un échantillonnage des virus détectés dans toute la Suisse afin de repérer immédiatement des mutations inquiétantes. Cela permettrait de vérifier au plus vite si ces variants échappent ou non aux anticorps, et de faire remonter les informations aux fabricants de vaccins si nécessaire», déclarait en février au Temps Didier Trono, le responsable de l'unité Diagnostics et tests de la Task Force.

2000 échantillons par semaine

Concrètement, près de 2000 échantillons positifs au SARS-CoV-2 sont analysés chaque semaine, un nombre appelé à évoluer en fonction de la situation épidémiologique. Ils sont envoyés dans des centres de séquençage génétique à haut débit tels que ceux de Zurich ou au Genome Center, sur le campus Biotech à Genève. 

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Les scientifiques pourront ensuite les classer pour en tirer des informations, par exemple pour retracer des châines de transmission de variants importés en Suisse. Les données seront publiées sur la plateforme internationale GISAID, et un autre outil suisse est en cours d'élaboration, a précisé Laurent Kaiser, le responsable du Centre pour les virus émergents des HUG: «C'est un nouvel outil, sorte de "GISAID suisse" qui offrira une granularité des données plus importante et sera compatible avec les outils et les besoins de l'OFSP».

Une manière de rappeler qu'une telle surveillance n'a rien d'un hobby pour satisfaire la curiosité des chercheurs, comme certains ont pu le laisser entendre: il s'agit bien d'améliroer la surveillance épidémiologique sur le territoire et d'offrir un outil d'aide à la décision pour les politiques. «Sans surveillance, nous sommes avaugles», a dit Laurent Kaiser, joint par téléphone.

En mars et avril, de 10 à 15% des cas positifs ont été séquencés, un chiffre plus élevé que ce qui se fait à l'étranger, s'est félicité le médecin, qui a de surcroit annoncé la parution d'un premier rapport officiel sur la situation suisse la semaine prochaine. 

La Suisse aura pris son temps pour entériner une telle décision. Les premières velléités de surveillance de la part des scientifiques remontent à juin 2020. L'OFSP n'y a guère porté d'attention, avant de changer d'avis, notamment suite à l'apparition des variants préoccupants cet hiver.

Le programme, qui prévoit aussi une surveillance des eaux usées, s'étend du 1er mars 2021 au 31 mars 2022. Il est financé par l'OFSP pour un an à hauteur de 10 millions de francs, a précisé celui-ci à Keystone-ATS. 

Les Ecoles polytechniques fédérales, les laboratoires universitaires et privés, la plateforme NextStrain et la Task Force scientifique Covid-19 collaborent au programme. La stratégie repose sur les recommandations de l'Organisation mondiale de la santé.