Le SARS-CoV-2 se retrouve dans les eaux usées, car les malades du Covid-19 excrètent le virus dans leurs selles. En Suisse, en France, aux Pays-Bas et aux Etats-Unis… au total, plus d’une douzaine d’équipes de chercheurs en ont fait l’observation et cherchent maintenant à savoir s’il serait possible de suivre l’évolution de la pandémie par des prélèvements dans les stations d’épuration. Cette surveillance pourrait servir à anticiper l’évolution de la maladie, puisque le virus peut se retrouver dans les selles avant que les personnes malades ne soient diagnostiquées.

En Suisse, des chercheurs du Laboratoire de chimie environnementale (LCE) de l’EPFL, en collaboration avec l’Eawag (Institut fédéral suisse des sciences et technologies de l’eau), ont procédé à des prélèvements d’eaux usées dès la fin du mois de février dans neuf stations d’épuration au Tessin, deux à Zurich et une à Lausanne. Les traces du génome du SARS-CoV-2 ont été identifiées par des tests PCR (technique d’amplification génique, qui permet de dupliquer une séquence d’ADN à partir d’une faible quantité d’acides nucléiques), après différentes opérations de filtration puis de centrifugation pour concentrer les particules du virus.

La méthode a permis de détecter le virus très tôt dans deux échantillons prélevés à Lugano et à Zurich dans le développement de l’épidémie, alors que la Suisse ne comptait que quelques cas confirmés. «Nous avons utilisé deux tests PCR différents, qui ont permis tous deux de détecter le virus», précise Tamar Kohn, directrice du LCE. Certaines incertitudes demeurent et ces résultats n’ont donc pas encore été publiés dans une revue scientifique.

Une étude similaire, pré-publiée sur le site medRxiv, a été menée en France par des chercheurs d’Eau de Paris, la régie chargée de la gestion de l’approvisionnement en eau de la capitale française, et de Sorbonne Université. Ils ont réalisé des prélèvements dans trois stations d’épuration. «Nous avons pu observer le pic de l’épidémie et les effets du confinement, avec une baisse de la charge virale dans les eaux usées, mais nos observations montrent que le virus circule toujours», détaille Sébastien Wurtzer, virologue pour Eau de Paris.

Un outil pour le déconfinement

Selon une étude parue en 2018, la surveillance des eaux usées a permis de détecter une épidémie de poliomyélite en Israël, avant que les premiers cas ne soient signalés. Dans la pandémie actuelle, la mise en place d’un outil fiable de surveillance via les égouts pourrait s’avérer utile pour adapter les mesures de déconfinement en fonction de la propagation du virus. La méthode ne permet toutefois pas d’identifier le nombre de personnes malades, puisque la quantité de virus excrétée peut varier d’un individu à l’autre. Autre inconnue: on ne sait pas encore si le nouveau coronavirus est présent dans les selles des malades asymptomatiques.

Pour Sébastien Wurtzer, cette approche pourrait compléter les campagnes de tests individuels. «Nous avons pu observer ce qui se passe à l’échelle d’une région. Mais nous avons aussi des données qui nous montrent que cette méthode est applicable à l’échelle d’une agglomération ou d’un bâtiment, affirme-t-il. Plutôt que de tester l’ensemble de la population d’un EHPAD (équivalent français des EMS) par exemple, on pourrait réaliser un contrôle dans les eaux usées pour déterminer la présence du virus. Puis procéder à des tests individuels si le résultat est positif.»

Cette méthode pourrait aussi constituer une alternative moins coûteuse pour pallier le manque de tests. «Pour cela, il faut que la population soit correctement connectée au système d’eaux usées», nuance Tamar Kohn.

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Une question en suspens

Une autre question mobilise les chercheurs: le virus retrouvé dans les stations d’épuration est-il toujours capable d’infecter des personnes? «Une étude très critiquée par les experts a conclu que le virus était toujours actif dans les selles, mais d’autres résultats ont infirmé cette hypothèse. Si le virus n’est plus infectieux dans les selles, cela signifie qu’il ne l’est plus dans les eaux usées», souligne Tamar Kohn.

Les chercheurs de l’étude française ont également réalisé des prélèvements après traitement des eaux usées, mettant en évidence une charge virale 100 fois moindre. «Si le virus était toujours infectieux dans les eaux usées, il pourrait présenter un risque pour les personnes travaillant dans les stations d’épuration, précise Sébastien Wurtzer. En France, les boues générées par le traitement des eaux usées peuvent normalement être utilisées pour fertiliser les champs. Cet usage est aujourd’hui interdit, puisqu’il n’est pas possible d’épandre des boues qui contiennent des micro-organismes qui n’ont pas été inactivés.»