Tests PCR nasopharyngés ou salivaires, tests antigènes, tests rectaux… Les moyens pour dépister le Covid-19 tendent à se multiplier, à tel point qu’on aurait tendance à s’y perdre. Si certains semblent résolument plus engageants, tous ne sont pas égaux dans leur sensibilité. Le point sur leurs principales caractéristiques, limites et avantages:

  • Le test PCR nasopharyngé

Comment ça fonctionne: Les tests PCR se basent sur une méthode de biologie moléculaire appelée Polymerase Chain Reaction – ou réaction en chaîne par polymérase – développée dans les années 1990 déjà. L’objectif: rechercher des parties caractéristiques du matériel génétique du SARS-CoV-2 au sein d’échantillons obtenus à l’aide de frottis nasopharyngés ou oropharyngés – respectivement depuis le nez ou la gorge et jusqu’à la paroi postérieure du pharynx.

Le virus étant parfois présent en faible quantité dans les sécrétions nasopharyngées ou oropharyngées, il est nécessaire, pour le détecter, d’amplifier des fragments spécifiques de son matériel génétique, l'ARN, à l’aide de plusieurs cycles successifs de réactions biochimiques, dits cycles d’amplification. Plus on accumule ces cycles, plus on est en mesure de détecter d’infimes traces de virus, le nombre de copies augmentant exponentiellement à chaque passage.

Un résultat est déclaré comme négatif si aucune trace de virus n’a été détectée au-delà d’un certain nombre de cycles donnés (la plupart des machines réalisent en général 45 cycles), ce que les spécialistes appellent seuil ou valeur Ct (pour cycle threshold).

Les plus: Les tests PCR nasopharyngés sont toujours considérés comme le gold standard. Depuis le début de la pandémie, la Suisse et le Liechtenstein ont procédé à près de 4,5 millions de tests, dont la grande majorité était des PCR. Leurs avantages? Leur grande sensibilité (entre 96 et 98%), y compris chez les personnes asymptomatiques ou présentant de faibles concentrations virales. Leur très bonne spécificité (près de 100%) engendre par ailleurs très peu de faux positifs, avec un taux inférieur à 0,01% selon une publication réalisée en septembre par un groupe d’experts en santé publique d’Ontario.

Par ailleurs, les tests PCR ciblant les zones mutées permettent de détecter la présence des nouveaux variants du SARS-CoV-2, ce que les autres types de tests ne permettent pas.

Les moins: Le seuil de détection des tests PCR est de l’ordre de 100 copies du virus par millilitre, ce qui est très peu en comparaison avec les millions de copies que l’on peut retrouver chez des personnes présentant des symptômes typiques du Covid-19. Et cette grande sensibilité peut aussi représenter un désavantage.

En effet, en règle générale, les valeurs de Ct de 37 et en dessous sont considérées comme positives sans équivoque. Si 38 cycles ou plus sont nécessaires pour dépasser le seuil de positivité, cela signifie que la quantité d’ARN viral est faible, soulevant la question de savoir si le patient est contagieux ou non.

Pour savoir si un virus est infectieux, il est alors nécessaire de le mettre en culture afin d’observer s’il se multiplie dans les cellules. Un processus qui est non seulement très laborieux, long, mais aussi limité à quelques laboratoires.

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De plus, un test PCR négatif ne peut indiquer avec certitude que l’on n’est pas contagieux. Déjà, car il ne sera toujours qu’un instantané du moment où il a été réalisé. De même, le résultat peut aussi dépendre de plusieurs facteurs, comme le stade de la maladie ou la bonne réalisation du prélèvement. La charge virale peut par ailleurs être faible dans le nasopharynx mais plus importante dans les poumons, pouvant engendrer, lors de frottis nasopharyngés, ce que l'on appelle des faux négatifs.  

  • Le test PCR salivaire

Comment ça fonctionne: Les tests PCR salivaires fonctionnent selon les mêmes mécanismes que les tests PCR nasopharyngés, à l’exception du mode de prélèvement de l’échantillon. Ici, pas d’écouvillon introduit dans le nez ou la gorge, mais un frottis réalisé sur les parois des joues, du palais, de la langue. Le tout parfois couplé au recueil de la salive – environ 0,5 millilitre – dans un tube.

Les plus: L’immense avantage des tests PCR salivaires est leur mode d’échantillonnage nettement moins désagréable. Depuis le mois de décembre, ils sont recommandés par la Société suisse de microbiologie comme alternative possible au PCR rhinopharyngés pour les patients symptomatiques et asymptomatiques non hospitalisés, les enfants, les cas contacts ou encore pour les tests aux frontières ou dans les EMS.

Une étude lausannoise et un travail de l’Université de Zurich, tous deux déposés à la fin de l’année en prépublication sur le site MedRxiv, estiment la sensibilité de ces tests - tant chez les enfants que les adultes - à environ 95% lors de la phase aiguë de la maladie (les quatre premiers jours) et lorsque la collecte d’échantillon est réalisée de manière adéquate. Leur spécificité est, quant à elle, de plus de 99,9%.

«Au Centre hospitalier universitaire vaudois [CHUV], nous avons déjà réalisé 269 tests PCR salivaires en décembre et 575 durant le mois de janvier, détaille Gilbert Greub, directeur de l’Institut de microbiologie du CHUV, à Lausanne. Les pédiatres du canton de Vaud ont en principe tous adopté les tests PCR salivaires et certains cantons sont en train de considérer cette option pour les dépistages à large échelle.»

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A noter que les tests PCR salivaires sont également utilisés, au CHUV, dans le cadre de kit d’auto-prélèvement pour des personnes atteintes d’un cancer, afin d’éviter qu’elles n’aient à se déplacer dans des centres de dépistage. «On pourrait même imaginer mettre à disposition ce type de dispositifs dans les pharmacies ou les stations de ski. Il existe également des tests PCR rapides qui permettent de donner des résultats en vingt minutes, mais ils sont pour l’instant réservés aux hôpitaux, compte tenu de leur disponibilité insuffisante», ajoute Gilbert Greub.

Les moins: La charge virale étant 100 fois moins élevée dans la salive que dans les frottis rhinopharyngés dans les premiers jours de la maladie, cette dernière est donc parfois considérée comme un milieu moins fiable pour détecter le virus. «Jusqu’au quatrième jour de symptômes, la charge virale est tellement élevée que la moindre quantité de virus dans la salive n’impacte pas négativement la sensibilité du test», précise toutefois Gilbert Greub.

Autre pierre d’achoppement, comme le soulignent les auteurs de l’étude zurichoise, il est possible que le fait de manger ou boire avant la collecte puisse diminuer le contenu viral dans la cavité buccale et dans la gorge. «Il n’est pas si simple que cela de faire un bon prélèvement salivaire, mais s’il est bien effectué on arrive en effet à de bons résultats, pointe Manuel Schibler. Aux Hôpitaux universitaires de Genève, les tests PCR salivaires sont encore principalement destinés au dépistage du personnel soignant travaillant dans certains services hospitaliers où des cas d’infections nosocomiales au Covid-19 ont été observés, notamment en gériatrie.»

  • Les tests «antigènes rapides»

Comment ça fonctionne: Les tests dits «antigènes rapides» permettent la détection des protéines du virus à l’aide d’un prélèvement effectué au niveau du nasopharynx. La présence de protéines virales est ensuite mise en évidence à l’aide d’anticorps spécifiques de ces protéines couplés à une enzyme, permettant ainsi une réaction colorimétrique sur une simple bandelette en papier.

Les plus: Contrairement aux tests PCR, qui nécessitent l’usage de réactifs coûteux, mais aussi de machines complexes et d’une main-d’œuvre spécialisée, les tests antigènes peuvent être réalisés directement sur le terrain. En outre, ils fournissent un résultat dans un délai de quinze à trente minutes.

Selon une étude genevoise publiée au début du mois de février sur le site MedRxiv, la sensibilité des tests antigènes – qu’ils soient réalisés par frottis rhino ou oropharyngés – atteint 96,3% chez les individus symptomatiques présentant une charge virale très élevée, permettant ainsi, affirment les auteurs, «l’identification ainsi que l’isolation rapides de la grande majorité des individus les plus contagieux».

Les moins: Lorsque l’on inclut uniquement des personnes symptomatiques depuis moins de quatre jours, la sensibilité des tests antigènes se situe aux alentours de 70 à 85%. Chez les patients ayant plus de quatre jours de symptômes, la sensibilité des tests antigènes tombe au-dessous de 50%.

«En l’absence de suspicion épidémiologique, ces tests sont sous-optimaux pour réaliser des dépistages massifs car cela signifie que l’on loupe, en moyenne, un cas sur trois, mentionne Gilbert Greub. Chez les personnes asymptomatiques, la sensibilité des tests antigènes oscille entre 28 et 33%, ce qui est problématique lorsque l’on sait que plus d’un tiers des cas de Covid-19 ne présentent aucun symptôme.»

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Il importe aussi de trouver la bonne fenêtre d’opportunité pour réaliser ce type de tests: «Il est préférable d’aller se faire tester dans les quatre jours suivant l’apparition des symptômes. A partir d’une semaine, la sensibilité des tests antigènes diminue nettement», analyse Manuel Schibler.

  • Le test rectal

Comment ça fonctionne: Le test anal fonctionne sur le même principe que le test nasopharyngé, à la différence qu’un écouvillon est introduit dans le rectum afin de prélever un échantillon qui sera soumis à un test PCR.

Si la Chine a semble-t-il décidé d’imposer ce type de tests aux personnes en quarantaine obligatoire dans les hôtels et les voyageurs en provenance de l’étranger, la Galice, une région du nord de l’Espagne a, quant à elle, décidé de prescrire ce type de dépistage pour les patients intubés en condition critique, chez qui il est impossible de réaliser un frottis rhinopharyngé.

Les plus: Selon un médecin chinois interrogé par la chaîne de télévision CCTV, le dépistage rectal «permettrait d’augmenter le taux de détection des personnes infectées». Une étude chinoise publiée en août dans la revue Future Microbiology, indique que le coronavirus resterait en effet présent plus longtemps dans l’anus que dans les voies respiratoires.

Les moins: Non seulement cette méthode peut s’avérer particulièrement gênante, mais les experts ne s’accordent en outre pas sur sa pertinence. «Au début de la pandémie, ce type de tests a été réalisé car des données provenant de Chine annonçaient, de manière erronée, une sensibilité des tests PCR nasopharyngés de l’ordre de 60 à 70%, se souvient Gilbert Greub. Au CHUV, nous avons ainsi conduit quelque 700 tests PCR par voie rectale sur plus de 140 000 analyses réalisées et cela, principalement sur des personnes hospitalisées.»

«Je suis très surpris de certaines déclarations avançant que les tests rectaux seraient plus fiables que les tests nasopharyngés, martèle Manuel Schibler. On fait face ici à ce que j’appelle une vraie «coviderie.»

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