Dans le milieu hospitalier, les infections provoquées par des bactéries résistantes aux antibiotiques, ou infections nosocomiales, sont prises particulièrement au sérieux par les médecins. A Lausanne, le Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) a fait face à une telle épidémie entre 2008 et 2012. Plus de 1600 patients ont alors été touchés, une minorité d’entre eux seulement ayant développé des symptômes.

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Dans un article paru dans le journal «mBio», une équipe de médecins et de microbiologistes raconte cet épisode épidémique et surtout l’enquête qui s’est ensuivie. Effectuée à la lumière d’outils d’analyse génomique de nouvelle génération, elle a permis de mettre la main sur la souche bactérienne coupable et d’en tirer des enseignements.

L’affaire commence en 2008, lorsque les médecins observent une augmentation importante du nombre de patients porteurs du staphylocoque doré résistant à la méticilline (MRSA d’après l’acronyme anglais). Jusque-là, rien d’exceptionnel. «C’est une bactérie bien connue, qui est apparue dès les années 1960, peu après la commercialisation de la méticilline, un antibiotique», explique Dominique Blanc, directeur de ces recherches et responsable du laboratoire d’épidémiologie au service de médecine préventive du CHUV.

Patients à l’isolement

Peu adapté à la survie dans un milieu anodin, le MRSA s’épanouit en milieu hospitalier, dans une population en grande partie sous traitement antibiotique. La plupart du temps, il n’entraîne pas de conséquences graves. «Cependant les patients porteurs ont plus de risque de développer des infections, notamment au niveau des cathéters insérés dans les veines, ce qui peut entraîner une infection du sang ou des plaies, et plus rarement des pneumonies», détaille Dominique Blanc.

Malgré un risque relativement faible, une surveillance particulière est requise pour éviter toute propagation. La première mesure prise par l’hôpital a été d’intensifier les tests de dépistage pour identifier le plus de porteurs de la bactérie possible. En cas de résultat positif, les patients étaient mis à l’isolement pour éviter toute transmission. Couplée à des rappels des règles d’hygiène, la procédure a permis de progressivement faire baisser le nombre de cas, après un pic observé en 2010.

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L’enquête ne s’est pas arrêtée pour autant, c’est même là qu’elle a véritablement démarré, avec cette question: quel type de MRSA était le coupable? Des analyses génétiques habituellement pratiquées à hôpital ont rapidement indiqué qu’il s’agissait d’un MRSA appartenant à la famille dite ST228, sans plus de précision sur l’identité précise du clone bactérien responsable de l’épidémie.

«C’est comme si dans une enquête policière, des analyses permettaient de connaître uniquement la couleur des yeux du coupable, sans plus d’information», relate Dominique Blanc. Il explique avoir voulu mettre le grappin sur le clone incriminé pour savoir notamment «si l’épidémie a été déclenchée par un patient zéro qui a contaminé tout l’hôpital ou bien si elle résultait de plusieurs introductions distinctes par le biais de patients transférés depuis d’autres établissements vers le CHUV».

Profil génétique

Pour pallier le problème, les chercheurs ont utilisé des outils de séquençage génétique dits de nouvelle génération, bien plus puissants. Grâce à ceux-ci, il est possible d’obtenir rapidement la séquence complète du génome d’un grand nombre de bactéries pour un prix abordable. «Là ou les méthodes de séquençage classiques ne donnent accès qu’à 1% du génome, le Whole Genome Sequencing en lit plus de 99%», dit Dominique Blanc.

Le chercheur et son équipe ont ainsi décodé en détail le génome de 237 souches de MRSA isolées entre 2008 et 2012 au CHUV. Résultat: près des deux tiers d’entre elles appartenaient à une seule lignée du clone ST228 qui s’était disséminé dans le CHUV. Cette conclusion a permis d’éliminer l’hypothèse de la contamination par des patients en provenance d’autres hôpitaux. Le clone incriminé n’ayant jamais été identifié avant le 3 septembre 2008, les médecins en ont conclu que l’épidémie avait démarré ce jour-là. Les données épidémiologiques n’ont cependant pas permis d’identifier le patient zéro.

Epidémie endiguée

Le fait que la majorité des patients étaient porteurs du ST228 sans avoir de symptômes, ainsi que les fréquents déplacements des patients au sein de l’hôpital, expliquent en partie pourquoi cette flambée épidémique a duré si longtemps. Ces découvertes ont permis aux équipes soignantes du CHUV d’adapter la prévention, notamment en organisant un dépistage plus intense des patients hospitalisés.

«Est-ce que nos mesures ont endigué l’épidémie? En tout cas elles ont dû y contribuer, même si elle aurait peut-être cessé sans ces actions», admet Dominique Blanc. «Si une nouvelle flambée faisait surface, nous ferions la même chose», poursuit le microbiologiste. Qui ajoute poursuivre ces travaux avec d’autres établissements, afin de mieux comprendre l’évolution et la propagation du clone ST228 en Europe sur les 15 dernières années.

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