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Record de décès quotidiens liés au coronavirus à Moscou et à Saint-Pétersbourg. Hausse des cas en Israël, qui a rétabli l’obligation du port du masque dans les lieux publics fermés. Nouvelles restrictions au Portugal, lui aussi confronté à une progression des contagions. Reconfinement à Sydney et fermeture d’écoles au Royaume-Uni. Ces derniers jours, les signaux d’alerte liés au variant Delta (ou B.1.617.2) se sont multipliés à travers le monde. Plus transmissible que les autres souches du Sars-CoV-2, cette souche poursuit sa course mortelle et fait redouter un rebond à large échelle de la pandémie. Le point en cinq questions.

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■ D’où vient le variant Delta?

Ce variant est apparu en Inde et s’est propagé lors de la terrible vague de coronavirus qui y a sévi au mois d’avril. Il a ensuite gagné d’autres pays de la sous-région dont le Népal. Il est rapidement arrivé en Grande-Bretagne, en raison des nombreux échanges entre ce pays et l’Inde. En quelques semaines seulement, le variant Delta y a pris le pas sur la souche initialement dominante, le variant Alpha ou B.1.1.7. Il est aujourd’hui identifié dans 95% des tests faisant l’objet d’un séquençage, d’après le service de la santé publique anglais, Public Health England.

■ Où en est-il dans sa progression?

Aujourd’hui, le variant Delta est présent dans environ 80 pays dans le monde, d’après la plateforme de collaboration génomique Gisaid. De nombreux pays, comme la Russie, Israël ou encore l’Indonésie font face à une hausse impressionnante des cas de Covid-19 pouvant, au moins en partie, être mise en lien avec l’émergence du B.1.617.2. Aux Etats-Unis, entre le 5 juin et la semaine dernière, il est passé d’environ 10 à 35% des prélèvements positifs séquencés. La proportion de ce variant progresse également rapidement en Europe: le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) estime qu’il représentera 70% des nouvelles infections dans l’UE d’ici à début août et 90% fin août. En Afrique, le variant Delta est présent dans 14 pays et serait déjà majoritaire en République démocratique du Congo et en Ouganda. Mais attention: son étendue pourrait être sous-estimée.

■ Pourquoi ce variant est-il inquiétant?

Classé dès le 11 mai par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) parmi les variants préoccupants du coronavirus, le variant Delta aurait une contagiosité accrue de 40 à 60% par rapport au variant Alpha, qui était lui-même 50% plus contagieux que le virus d’origine ayant déclenché la pandémie. «Si ce variant n’était pas en circulation, les Etats-Unis et l’Europe seraient probablement sortis de la pandémie. Le taux de vaccination et les conditions climatiques actuelles ne permettraient plus la transmission d’un variant moins contagieux», estime François Balloux, spécialiste de l’évolution des virus à l’University College de Londres.

La propagation de cette souche semble s’accompagner d’une augmentation des hospitalisations, même s’il est pour l’heure difficile d’évaluer dans quelle proportion. Sa détection est compliquée, particulièrement en période de rhume des foins. Maux de tête, mal de gorge et écoulement nasal… la contamination provoquerait des réactions évoquant un refroidissement, et beaucoup moins d’anosmie ou de fièvre, d’après une publication récente du chercheur Tim Spector, du King’s College London (KCL).

■ Le variant Delta contourne-t-il la vaccination?

Les nouvelles sont plutôt rassurantes de ce point de vue. Une étude menée par Public Health England conclut ainsi qu’avec deux doses de vaccin Pfizer/BioNTech, une personne est protégée à 88% contre les symptômes du variant Delta, soit une protection seulement légèrement plus faible que celle qu’il procurait face au variant Alpha (96%). Avec le vaccin AstraZeneca, la protection semble moindre, de l’ordre de 60%. «En Suisse, les gens vaccinés avec Pfizer ou Moderna sont protégés contre ce variant, comme tous les autres», rassure le virologue Didier Trono. Une seule dose de vaccin, quel qu’il soit, ne réduit que de 33% le risque de tomber malade.

A noter qu’une nouvelle variante de cette souche, dite Delta +, a été repérée en Inde. «Elle comporte une mutation supplémentaire appelée K417N qui peut avoir un impact sur la capacité des anticorps à neutraliser le virus», affirme la scientifique en cheffe de l’OMS Soumya Swaminathan. La crainte existe que cette souche s’avère résistante au vaccin. Son expansion est néanmoins limitée.

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■ Va-t-il provoquer une nouvelle vague?

«Le risque de flambée est assez important, en particulier à la fin de l’été quand les conditions climatiques seront moins favorables, estime François Balloux. Mais dans les pays où le taux de vaccination est bon, on peut espérer que l’accroissement du nombre des cas ne s’accompagnera pas d’une forte progression des hospitalisations et des décès. C’est ce qu’on observe actuellement en Grande-Bretagne, où la maladie touche beaucoup les jeunes et entraîne surtout des cas légers.»

Les décès, en Israël, de personnes deux fois vaccinées, n’étonne pas le chercheur: «Les vaccins sont très bons mais ils ne sont pas imparables, il est prévisible que certaines personnes vaccinées tombent tout de même malades», rappelle-t-il. Le taux de vaccination atteint 50% de la population adulte en Israël. La moitié environ des infections se produit chez les enfants. La plupart des personnes vaccinées qui sont infectées souffrent de formes bénignes de la maladie.

Plus un virus est contagieux, plus le taux de protection de la population doit être important pour bloquer sa transmission. Avec le variant Delta, il faudrait vacciner plus de 80% de la population, un niveau particulièrement ambitieux, y compris dans des pays où l’accès à l’injection est facile. En Suisse, un tiers environ de la population a reçu les deux doses de vaccin. Avec le risque de voir les catégories de la population les moins vaccinées (les plus jeunes) servir de réservoir au virus.

Au niveau mondial, la grande disparité dans la couverture vaccinale est aussi source d’inquiétude. «Alors que certains pays assouplissent les mesures sociales et de santé publique, nous commençons à voir une augmentation de la transmission dans le monde», a mis en garde à Genève le directeur général de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus.


En Suisse, les signaux épidémiologiques sont au vert

En Suisse, le variant Delta progresse de manière relativement lente. Mi-mai, l’Office fédéral de la santé publique estimait qu’il était à l’origine de 0,5% des nouvelles infections; il représente aujourd’hui un peu moins de 10% de celles-ci. Cette proportion peut rapidement augmenter, mais pour l’heure, les signaux épidémiologiques sont au vert.

Les chiffres de la pandémie sont en baisse continue depuis plusieurs semaines. A l’échelle du pays, 41 hospitalisations ont été recensées entre le 13 et le 20 juin, mentionne l’OFSP dans son dernier rapport hebdomadaire. Onze décès liés au coronavirus ont été relevés – 11 disparitions, c’est toujours trop, mais beaucoup moins qu’il y a quelques semaines encore, du 29 mars au 4 avril, où le Covid-19 avait fait 60 morts.

Jeudi 24 juin, les Hôpitaux universitaires genevois (HUG) ne comptaient que quatre patients hospitalisés pour le Covid-19. Une vraie bouffée d’oxygène pour le personnel. Même soulagement au Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV), qui compte actuellement 10 patients atteints du coronavirus, dont 4 placés en soins intensifs. Dans tout le canton de Vaud, 20 malades au total sont placés en soins aigus et 8 en soins intensifs.

«Situation sous contrôle»

Après des mois avec une situation sanitaire, économique et sociale tendue, ces statistiques font plaisir. «On peut enfin se réjouir, se félicite le vaccinologue Alessandro Diana. On profite d’abord d’une baisse de circulation du virus car les gens sont davantage dehors et les températures remontent, c’est l’effet de saisonnalité. Mais surtout, la vaccination a fait son effet: elle protège très bien et contribue à la diminution du fardeau dans les établissements médicaux, où ne sont hospitalisés que des non-vaccinés.»

Le taux d’hospitalisation chez les personnes de 80 ans et plus a baissé́ continuellement depuis le début de l’année. Et les nouveaux contaminés sont surtout les jeunes de 10 à 19 ans, qui sont beaucoup moins à risque. Mais si l’on regarde les graphiques en prenant un peu de recul, on se rend compte que la situation épidémiologique était la même il y a un an, à l’été 2020. Faut-il donc trembler face à une éventuelle nouvelle vague à la rentrée?

Alessandro Diana ne le pense pas, car avec plus de 30% de la population suisse qui a reçu deux doses de vaccin, la donne est complètement différente. «Si vous m’aviez dit, l’année dernière, qu’on aurait des vaccins aussi bons, je ne vous aurais pas crue, lâche-t-il. Mais là, les études sur les ARN montrent qu’ils sont redoutablement efficaces, y compris contre les variants.»

Rares sont les spécialistes qui se montrent aussi optimistes: après le choc d’une première vague, puis d’une deuxième mal anticipée, ceux-ci veulent rester prudents. Karim Boubaker, médecin cantonal vaudois, use, lui, d’un euphémisme. «La situation en Suisse et dans le canton de Vaud peut être considérée comme étant sous contrôle», dit-il. Mais il refuse de crier victoire. «En épidémiologie, cette notion n’existe pas, et nous devons continuer notre surveillance ces prochains mois afin d’être à même de réagir en cas de nouvelle augmentation du nombre de cas.»