Il est né en Suisse, en 1961. Après des études de design et d'illustration à Lausanne, après un diplôme obtenu dans la capitale vaudoise en 1982, François Berthoud part travailler pour Condé Nast, en Italie, à Milan surtout.

Ses travaux du début consistent en bandes dessinées publiées par des revues et des magazines à l'affût du vent frais, Vanity, par exemple, un des premiers journaux à réhabiliter l'illustration.

Berthoud a surtout collaboré à Harper's Bazaar, Interview, Uomo Vogue, The New York Times Magazine, Visionaire, au New Yorker. Il compte aussi, parmi ses clients, Alessi, Hermès, Prada, Jil Sander.

Son œuvre, extrêmement variée et chatoyante, utilise diverses techniques de colorisation et de gravure. Des catalogues de ses productions ont été publiés par Bartsch & Chariau. François Berthoud a toujours son atelier à Milan.