L'Eglise catholique romaine compte actuellement dans le canton 55 paroisses et 190 000 membres, ce qui en fait la plus grande communauté chrétienne de Genève. Au XVIe siècle, Genève devient protestante. Au XIXe siècle, le catholicisme retrouve droit de cité, mais la fin du siècle est marquée par le Kulturkampf: les persécutions sont nombreuses, et le vicaire apostolique Mgr Gaspard Mermillod doit s'exiler. Les tensions se sont apaisées au début du XXe siècle. Quant à l'Eglise catholique chrétienne, elle est issue d'un schisme avec Rome. A Genève, elle compte trois paroisses et quelques centaines de membres (il y environ 12 000 catholiques chrétiens en Suisse).

La Basilique Notre-Dame, consacrée en 1859, est le lieu de culte catholique le plus connu. Elle est l'œuvre de l'architecte Alexandre Grigny. Affectée par le gouvernement genevois aux catholiques chrétiens en 1875, elle a pu être rachetée par les catholiques romains quelques années plus tard.

L'Eglise Saint-Germain est une des trois paroisses catholiques chrétiennes de Genève. Le culte propre à cette confession y est célébré depuis 1873. Les catholiques chrétiens ne reconnaissent pas la primauté du pape ni son infaillibilité, deux dogmes proclamés lors du concile Vatican I en 1870.