A l’aéroport de Cointrin comme à celui de Bâle, la Confédération accomplit une tâche sécuritaire qui ne lui incombe pas. Le Contrôle fédéral des finances (CDF) a tiré cette conclusion en étudiant les conventions conclues entre l’Office fédéral de la douane et de la sécurité des frontières et les cantons disposant d’un aéroport. A Zurich, le canton prend en charge ces coûts, à la suite d’une convention nouée avec ce même office fédéral. Le CDF préconise que Genève et Bâle reversent à la Confédération les montants relatifs à cette mission de contrôle des personnes. A Genève, le coût est de 17 à 22 millions de francs par an.