Outre la présentation du programme d'armement 2006, le Conseil fédéral demande au parlement de procéder à une adaptation de l'organisation de l'armée.

But: donner de l'ampleur aux engagements de sûreté au détriment des moyens attribués à la défense au sens propre du terme. Selon le projet, le nombre d'états-majors de brigade passerait de neuf à huit dès le 1er janvier 2008. Au niveau des forces aériennes, les quinze groupes panachés de défense antiaérienne actuels seront réduits à neuf groupes actifs.

D'une manière générale, l'armée passera progressivement dès 2009 de 133 à 129 bataillons et groupes. Les chars, l'artillerie et la défense antiaérienne céderont le pas à l'infanterie et à l'aide au commandement.

Il est ainsi prévu de dissoudre un commandement d'aérodrome, quatre bataillons actifs, trois panachés et onze de réserve. Neuf bataillons actifs seront transformés en unités de réserve.

En revanche, quatre bataillons d'infanterie, deux d'aide en cas de catastrophe, un de génie, un de police militaire, trois d'ondes dirigées et trois groupes de transport aérien seront créés. Les bataillons d'aide en cas de catastrophe, six au final, seront subordonnés aux régions territoriales. Jusqu'ici, ils étaient soumis à la Formation d'application du génie/sauvetage.