C'est, toutes proportions gardées et avec de notables différences, une structure à l'américaine. Une Cour suprême tout en haut de la pyramide, puis, à un étage intermédiaire entre celle-ci et les Etats fédérés, des tribunaux fédéraux. En l'occurrence, deux tribunaux fédéraux de première instance dans des domaines spécifiques: le droit administratif pour l'un, la criminalité organisée et économique pour l'autre. L'emplacement de ces deux nouvelles juridictions n'est pas encore définitivement fixé, mais cinq sites ont déjà été sélectionnés: Fribourg, Soleure, Aarau, Olten et Saint-Gall. Il est vraisemblable que Fribourg, seul siège situé en Suisse romande dans cette liste, obtienne l'un des deux tribunaux.

Le message du Conseil fédéral précise que les juges de ces tribunaux seront nommés par le Conseil fédéral, et non par le parlement comme les juges fédéraux de Lausanne. Alors que le Tribunal administratif fédéral devrait compter 260 postes, le Tribunal pénal fédéral en totalisera 40 à 70. Cette dernière juridiction devrait exercer, outre les compétences actuelles de la Cour pénale fédérale, celles qui découlent des nouvelles tâches de la Confédération dans la lutte contre le crime organisé. Elle jugerait également les crimes de génocide qui pourraient être poursuivis en Suisse. Elle devrait également se voir confier les prérogatives actuellement dévolues à la Chambre d'accusation du Tribunal fédéral.