Fort de son expérience à la tête de la Société vaudoise de médecine et de la faîtière de ses consœurs des cantons romands, Philippe Eggimann a été élu au Comité central de la Fédération des médecins suisses (FMH), où il est le seul francophone. Il s’est promis d’y apporter une sensibilité latine et d’y défendre des propositions spécifiques, notamment en ce qui concerne la maîtrise des coûts, du mode de fixation des primes et du maintien de l’accessibilité et de la qualité du système de santé.