La représentation au Conseil fédéral est un des rares classements où Neuchâtel fait bonne figure. Didier Burkhalter est le neuvième représentant du canton à accéder à la fonction suprême, record absolu pour une si petite région (2,3% de la population suisse). C’est par exemple davantage que Genève (5) ou Argovie (5). Seuls les grands cantons de Zurich (20), Vaud (14) et Berne (12) ont obtenu plus de conseillers fédéraux.

Cette forte présence se répartit en deux périodes distinctes. Entre 1872 et 1913, Neuchâtel a eu quatre conseillers fédéraux radicaux (dans l’ordre Eugène Borel, Numa Droz, Robert Comtesse et Louis Perrier). Cette surreprésentation s’explique par l’essor extraordinaire de l’industrie horlogère, mais aussi par la reconnaissance implicite d’une histoire particulière. «Neuchâtel est le seul canton qui s’est débarrassé d’un monarque (le Roi de Prusse). La proclamation de la République lui a valu le respect du reste de la Suisse», explique l’historien Jean-Pierre Jelmini.

Neuchâtel a retrouvé sa place au Conseil fédéral après la Seconde Guerre mondiale. Le radical Max Petitpierre (1945-1961) puis les socialistes Pierre Graber (1970-1978), Pierre Aubert (1978-1987) et René Felber (1987-1993) ont tous été à la tête du Département des affaires étrangères. La liste aurait pu être plus longue encore si le Chaux-de-Fonnier Francis Matthey avait accepté son élection en 1993.