Présidente de la Conférence des directeurs de l'Instruction publique, la Fribourgeoise Isabelle Chassot se dit «déçue» par la non-décision du Conseil fédéral. Les cantons, qui ont pour la plupart rassemblé école et formation professionnelle, s'impatientaient: «Je regrette que le Conseil fédéral ne donne pas un signal politique clair par rapport au paysage national des hautes écoles, qu'il ne veuille pas abandonner une vue sectorielle du domaine au profit d'une vision globale. C'est important aussi en termes de visibilité internationale. Puisque le Conseil fédéral dit qu'il se consacrera désormais à l'examen des tâches, j'espère qu'il considérera quand même la formation et la recherche comme des tâches prioritaires.»

Le regroupement des services est réclamé depuis années par les Chambres, mais il ne fait pas l'unanimité dans les milieux académiques. Les responsables des hautes écoles spécialisées (HES) se montrent plutôt enthousiastes. Directeur de la HES de Suisse occidentale, Marc-André Berclaz relève que «le mouvement mis en place dans les hautes écoles implique une coordination renforcée jusqu'au plus haut niveau», ce qui le fait déplorer une «occasion repoussée».

En revanche, les présidents des EPF se sont montrés maussades à l'idée du regroupement, et dans les universités, l'hostilité l'emporte. Les recteurs sont horrifiés à la perspective de se retrouver sous la coupe de l'Economie. Mais une concentration totale à l'Intérieur ne séduit pas davantage, car les arbitrages entre académies et HES seraient plus rudes. Selon une pensée répandue dans les milieux scientifiques, l'actuelle division, avec deux conseiller fédéraux, atténue les choix drastiques en périodes de vaches maigres et assure un meilleur poids à ce secteur au sein du gouvernement. Président de l'EPFL, Patrick Aebischer commente d'ailleurs l'annonce de mercredi avec recul, estimant que «l'autonomie des hautes écoles, en particulier des EPF, directement liées au niveau fédéral, reste la question centrale».

Car la réforme était motivée par une nouvelle loi sur les hautes écoles, que le Conseil fédéral doit présenter après consultation - et dès lors, modification? - d'ici à quelques semaines. Ce texte institue une conférence politique des hautes écoles (unis, EPF et HES). Selon le projet âprement négocié avec les cantons, cette future instance serait présidée par «le membre compétent du Conseil fédéral», ce qui suppose une réunion des services. Isabelle Chassot prévient: «La base constitutionnelle qui fonde le projet de loi ne laisse pas de doute. La Confédération devra parler d'une voix, et pas la partager.»