Dans les cantons de Neuchâtel et du Valais, plusieurs regroupements se sont opérés depuis 1999. Les Chemins de fer des montagnes neuchâteloises (CMN), le chemin de fer régional du Val-de-Travers (RVT) ainsi que les Transports routiers du Val-de-Ruz (VR) se sont tout d'abord réunis sous l'appellation des Transports régionaux neuchâtelois. Cette communauté d'exploitation gère par ailleurs les Transports en commun de la Chaux-de-Fonds et du Locle. Cette fusion représente les prémices d'une future entreprise unique pour le transport régional dans le canton de Neuchâtel.

Le Valais a, quant à lui, attendu 2002 pour voir les deux entreprises BVZ (Brig-Visp-Zermatt) Zermatt-Bahn et FO (Furka-Oberalp-Bahn) s'unir sous la bannière de Matterhorn-Gotthard-Bahn. Dans le Bas-Valais, ce sont les CFF et les Transports de Martigny et région (TMR) qui ont créé, en 2003, une société commune pour l'exploitation entre Saint-Gingolph et Brigue et entre Martigny et Orsière/Le Châble.

Depuis 2000, l'ensemble du réseau fribourgeois est exploité par les Transports publics fribourgeois (TPF). L'année passée, près de 21 millions de personnes ont emprunté les trains et bus des TPF. «La fusion a notamment permis de ramener la société dans les chiffres noirs», explique Chantal Epiney, porte-parole des TPF. «Par ailleurs, la société offre une vision globale des transports aux Fribourgeois.» Les TPF exploitent 5 lignes de trains, 45 lignes régionales et 7 lignes urbaines de bus, ainsi qu'un funiculaire. L'ensemble du canton possède donc un réseau uniformisé grâce à un seul système de billetterie.