Pascal Couchepin aura été aux commandes durant une période décisive pour le paysage des hautes écoles. Lorsqu’il arrive à la tête du Département de l’économie, en 1999, la construction du système des hautes écoles spécialisées (HES) n’est pas encore achevée. L’Office fédéral de la formation professionnelle et de la technologie, qui chapeaute ces réseaux régionaux d’écoles professionnelles, commence alors à imposer une ligne dure en matière de rationalisation, par le rapprochement des établissements et surtout la concentration des filières. Pascal Couchepin confortera cette option, en poussant même avec force les cantons dans la voie du regroupement, ce qui mènera notamment à la création d’une HES unique pour la Suisse du Nord Ouest, avec les deux Bâle, Soleure et l’Argovie.

En 2003, prenant le Département de l’intérieur, Pascal Couchepin fait face, entre autres nombreuses prérogatives de ce dicastère mammouth, à la mise en œuvre de la réforme dite «de Bologne» dans les universités, ainsi qu’aux tensions croissantes entre les EPF de Zurich et Lausanne. L’entente avec le secrétaire d’Etat Charles Kleiber paraît d’abord excellente, elle deviendra plus difficile au fil des années. L’activisme dont fait preuve le secrétaire d’Etat excède parfois le ministre libéral, qui rappelle ponctuellement, comme une pichenette à son haut fonctionnaire, la nécessité de respecter l’autonomie des hautes écoles.

De fait, pour le secteur universitaire, les années Couchepin auront été celles d’un double mouvement, la pression fédérale en même temps que l’affirmation de l’autonomie. Berne vante à voix haute cette dernière valeur – détachement des universités de leurs administrations cantonales, renforcement des rectorats… –, suscitant des réformes légales dans la plupart des cantons universitaires. En parallèle, les partages de compétences, qui impliquent de renoncer à des filières comme l’a fait l’Université de Lausanne, sont vivement encouragés.

Menées au coup par coup, à la faveur de propositions des hautes écoles elles-mêmes ou, plus souvent, au moyen de la carotte financière, ces réformes ont atteint un point de non-retour qui nécessitait une révision légale. Les Chambres l’ont vite réclamée, de même que le regroupement des services fédéraux s’occupant des hautes écoles. Sur ce dernier volet, Pascal Couchepin et Doris Leuthard, se sont entêtés faute de s’entendre: pas de réorganisation. En revanche, ils ont présenté, le 29 mai dernier, la nouvelle loi sur les hautes écoles, mise en musique d’une mélodie jusqu’ici façonnée par les circonstances, l’activisme du précédent secrétaire d’Etat, ainsi que les tendances lourdes au niveau européen, telle que la réforme de Bologne, et mondial, avec la rapide internationalisation des universités.