La technologie dite biométrique consiste à enregistrer dans une puce incorporée au passeport

un certain nombre de données

du titulaire, qui sont lues électroniquement lors d'un contrôle. Ces données sont celles que contiennent les passeports classiques - nom, âge, etc. - mais aussi une photo numérisée qui sera comparée par le lecteur avec le visage réel, voire les empreintes digitales, qui pourront également être comparées avec celles du titulaire. Dans le futur, le schéma de l'iris pourrait aussi figurer dans la puce, mais aucun Etat n'y procède pour l'heure. Des inquiétudes se sont manifestées sur la sécurité des données enregistrées, et les possibilités de les «voler» à distance. Dans son message au parlement, le Conseil fédéral a estimé au contraire que cette technique était suffisamment maîtrisée pour empêcher les abus. L'accès aux données biométriques réservé à des organismes privés chargés de la sécurité du trafic aérien a également suscité des critiques.